数据集概述
本数据集包含Ramírez-Valiente等人研究中使用的基因组数据，涉及两种地中海栎树（Quercus faginea和Quercus lusitanica）。数据支持遗传聚类、选择压力分析等研究，含样本信息、不同分析工具输入文件及基因组位点数据，共十七个文件，用于揭示气候对栎树生态生理性状的选择作用。
文件详解
- 样本信息文件
- 文件名称：Samples.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：描述不同分析和基因组数据中使用的个体及群体编码
- 遗传聚类分析文件（STRUCTURE和DAPC工具用）
- 文件名称：Quercus_faginea_p12r05m05minMAF001_all_loci.str、Quercus_faginea_p12r05m05minMAF001_neutral_loci.str、Quercus_lusitanica_p7r05m05minMAF001_all_loci.str、Quercus_lusitanica_p7r05m05minMAF001_neutral_loci.str
- 文件格式：STR
- 字段映射介绍：分别为两种栎树的全位点、排除选择信号位点（BAYESCAN或FDIST方法识别）的遗传聚类分析输入数据
- 选择压力分析文件（BAYESCAN工具用）
- 文件名称：Quercus_faginea_p12r05m05minMAF001_BAYESCAN.txt、Quercus_lusitanica_p7r05m05minMAF001_BAYESCAN.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：两种栎树的BAYESCAN分析输入数据，包含位点、群体数量等信息
- 群体遗传学分析文件（ARLEQUIN工具用）
- 文件名称：Quercus_faginea_p12r05m05minMAF001_ARLEQUIN.arp、Quercus_lusitanica_p7r05m05minMAF001_ARLEQUIN.arp
- 文件格式：ARP
- 字段映射介绍：两种栎树的ARLEQUIN分析输入数据
- 基因组变异数据文件（VCF格式）
- 文件名称：Quercus_faginea_p12r05m05minMAF001_all_loci.vcf、Quercus_faginea_p12r05m05minMAF001_neutral_loci.vcf、Quercus_lusitanica_p7r05m05minMAF001_all_loci.vcf、Quercus_lusitanica_p7r05m05minMAF001_neutral_loci.vcf
- 文件格式：VCF
- 字段映射介绍：分别为两种栎树的全位点、排除选择信号位点的基因组变异数据
- 公共花园实验选择分析文件（DRIFTSEL工具用）
- 文件名称：Quercus_faginea_Greenhouse_DRIFTSEL.txt、Quercus_faginea_Outdoor_DRIFTSEL.txt、Quercus_lusitanica_Greenhouse_DRIFTSEL.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：两种栎树在温室/室外公共花园实验中的性状选择分析输入数据
- 说明文档
- 文件名称：Readme.docx
- 文件格式：DOCX
- 字段映射介绍：数据集相关说明文档
数据来源
论文“Genomic data and common garden experiments reveal climate-driven selection on ecophysiological traits in two Mediterranean oaks”（Ramírez-Valiente et al.）
适用场景
- 植物基因组选择压力分析: 利用BAYESCAN、ARLEQUIN工具输入文件，研究栎树基因组位点的选择信号
- 种群遗传结构研究: 通过遗传聚类分析文件，分析两种栎树的种群遗传分化与结构
- 气候适应性进化研究: 结合公共花园实验数据，揭示气候对栎树生态生理性状的选择驱动机制
- 基因组变异数据应用: 使用VCF文件开展栎树基因组多样性、遗传关联等后续研究
- 植物生态学实验设计参考: 借鉴公共花园实验的样本编码与分析框架，优化同类植物实验设计
