数据集概述
本数据集基于定制50K SNP芯片,包含Ficedula属鹟类(如白领姬鹟与斑姬鹟)的基因分型数据,用于分析连锁不平衡(LD)模式、基因组分化岛特征及种间杂交情况。数据支持鸟类进化基因组学研究,揭示近缘物种的生殖隔离机制与快速进化过程。
文件详解
- 文档文件
- 文件名称:
README_for_Dryad_MER14-0028.zip.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:说明数据集内容,包含PLINK格式文件的字段定义(如家系ID、个体ID、性别、基因型位点等)及染色体编码规则(因PLINK不适用鸟类基因组,染色体统一标注为NA)。
- 压缩文件
- 文件名称:
Dryad_MER14-0028.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:包含PLINK格式的基因数据文件,包括
.map(SNP标识符、位置信息)和.ped(家系、个体、性别及45138个位点的基因型数据)。
数据来源
Dryad数字资源库(关联论文:Estimation of linkage disequilibrium and interspecific gene flow in Ficedula flycatchers by a newly developed 50k SNP array)
适用场景
- 连锁不平衡分析: 研究Ficedula鹟属基因组中LD衰减模式,评估基因组分化岛的LD水平差异。
- 种间基因流研究: 利用基因型数据识别F1代杂交个体,分析近缘物种的生殖隔离强度。
- 鸟类进化基因组学: 探讨百万年尺度内生殖不亲和性的快速进化机制。
- 分子标记开发: 基于50K SNP芯片数据,优化鸟类基因组研究的分子标记选择策略。