数据集概述
本数据集为海胆（Echinoidea）全证据系统发育与年代学研究的补充数据，整合了基因组学与古生物学数据，包含基因本体数据、组合数据集、地层数据集、基因座子采样环境文件、补充图表、补充表格、系统发育比对文件及形态学数据集等8个文件，用于解析海胆类群的系统发育关系与分化时间。
文件详解
- SI_File_8_-_Gene_ontology_data.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含GOid（基因本体编号）、All（所有基因计数）、Top-300（前300基因计数）、Type（基因本体类型，如MF、BP、CC）等字段，记录基因本体相关数据。
- SI_File_7_-_Combined_dataset.nex
- 文件格式：NEX
- 内容说明：整合基因组学与古生物学数据的组合数据集文件。
- SI_File_5_-_Stratigraphic_dataset.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：压缩包形式的地层数据集文件。
- SI_File_6_-_Loci_subsampling_R_environment.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：压缩包形式的基因座子采样R环境文件。
- SI_File_2_-_Supplementary_figures.docx
- 文件格式：DOCX
- 内容说明：补充图表文档。
- SI_File_1_-_Supplementary_tables.docx
- 文件格式：DOCX
- 内容说明：补充表格文档。
- SI_File_3_-_Phylogenomic_alignment_and_partition_file.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：压缩包形式的系统发育比对与分区文件。
- SI_File_4_-_Morphological_dataset.nex
- 文件格式：NEX
- 内容说明：形态学数据集文件。
数据来源
论文“A total-evidence dated phylogeny of Echinoidea combining phylogenomic and paleontological data”
适用场景
- 海胆系统发育研究：利用整合数据集分析海胆类群的系统发育关系与分化时间。
- 基因组与古生物数据整合方法验证：验证基因组学与古生物学数据整合在系统发育研究中的应用价值。
- 基因本体功能分析：通过基因本体数据研究海胆基因功能与进化的关联。
- 地层数据与生物进化关联分析：结合地层数据集探讨海胆进化与地质年代的关系。
- 形态学与分子数据比较研究：对比形态学与基因组数据在系统发育重建中的一致性与冲突。
