数据集概述
本数据集为内质网应激下核内膜蛋白emerin选择性清除机制研究的实验数据，包含蛋白质半衰期分析、动态蛋白质组学及转运降解相关的原始数据与处理结果，涉及11个文件，涵盖原始质谱数据、过滤后的蛋白/肽段数据、半衰期拟合结果等，用于探究核内膜与内质网蛋白降解途径的异同及emerin的应激响应机制。
文件详解
- 原始数据文件（TXT格式，共5个）
- 文件名称：Original-0D.txt、Original-1D.txt、Original-2D.txt、Original-3D.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含SLINE、UNIQUE_SEQUENCE、RATIO、REV_RATIO、REGRESSION_FACTOR、DETERMINANT_FACTOR、PROBABILITY_SCORE、XCorr、deltaCN、SAM_INT、REF_INT、PEAK_INT、AREA_RATIO、PROFILE_SCORE、FILE_NAME、SCAN、UniprotID、Description等质谱分析相关字段，记录蛋白序列、定量比值、回归因子、概率得分等原始数据
- 表格数据文件（XLSX格式，共5个）
- 文件名称：Table S1 filtered peptide data for half-life reviewed only.xlsx、Table S2 filtered protein data for half-life reviewed only.xlsx、Table S3. results of half life fits.xlsx、Table S4. proteins successful fits only.xlsx、Table S5. half lives and topology data related to Figure 1.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：分别包含过滤后的肽段数据、过滤后的蛋白数据、半衰期拟合结果、成功拟合的蛋白数据、半衰期与拓扑结构数据（关联图1），涵盖蛋白半衰期、拓扑分类、定量比值等处理后结果
- 分析脚本文件（Rmd格式，共1个）
- 文件名称：3 day SILAC timecourse LM only.Rmd
- 文件格式：Rmd
- 字段映射介绍：SILAC时间课程数据分析脚本，用于处理3天标记实验的定量数据
- 说明文档（TXT格式，共1个）
- 文件名称：README_for_Original-0D.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：原始数据文件的说明文档，解释数据字段含义与实验背景
适用场景
- 分子生物学研究：分析核内膜与内质网蛋白的降解途径差异，探究emerin蛋白在ER应激下的选择性清除机制
- 蛋白质组学分析：利用SILAC时间课程数据与半衰期拟合结果，研究蛋白质动态周转规律
- 细胞应激响应机制研究：通过emerin的转运降解数据，揭示细胞应对ER应激的核膜重塑机制
- 生物信息学分析：基于过滤后的蛋白/肽段数据，开发蛋白质半衰期预测模型或拓扑结构关联分析算法
