数据集概述
本数据集围绕澳大利亚东南部半干旱桉树物种Eucalyptus behriana的种群遗传分化展开,包含通过ddRAD-seq技术获得的基因组位点数据、系统发育分析用的序列比对文件、遗传多样性分析文件及补充表格,用于探究该物种分布间断的演化机制及澳大利亚东南部生物地理历史。
文件详解
- README.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:数据集说明文档,列出关联文件及用途概述
- Concatenated_alignment.nex
- 文件格式:NEX
- 字段映射介绍:IPYRAD生成的所有位点串联比对文件,用于系统发育分析,包含多序列比对的核苷酸位点信息
- One_SNP_per_5000bp_Egrandis_reference_genepop.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:基于参考基因组的SNP数据文件(Genepop格式),包含loc0_pos117、loc1_pos35等位点的遗传标记信息,用于种群遗传结构分析
- Supplementary_Tables.docx
- 文件格式:DOCX
- 字段映射介绍:补充表格文档,包含IPYRAD参数设置及数据集中97个样本的详细信息
数据来源
论文“Divergent lineages in a semi-arid mallee species, Eucalyptus behriana, correspond to a major geographic break in south-eastern Australia”
适用场景
- 植物种群遗传学研究: 分析Eucalyptus behriana种群间的遗传分化程度及亲缘关系
- 生物地理屏障验证: 探究Lower Murray Basin等地理屏障对物种遗传结构的影响
- 物种分布演化分析: 结合遗传数据与分布模型,推断种群分布间断的形成历史
- 基因组学方法应用: 验证ddRAD-seq技术在半干旱植物种群研究中的适用性
- 澳大利亚东南部生物地理历史重建: 通过物种遗传模式反演区域生物演化过程