数据集概述
本数据集为Ciriac CHARLES关于法国牛分枝杆菌菌株全基因组测序遗传新知识获取研究论文的附录文件，包含3个基因组信息表格、2个IS6110插入位点分析表格及1个系统发育树图，系统呈现不同基因型菌株的基因组数据与遗传特征。
文件详解
- 文件名称：Annexe 1.xlsx，格式：Excel表格，内容：研究panel 1中87株牛分枝杆菌基因组信息，按聚类/基因型（如Cluster I/Eu3、Cluster G/F9等）以不同颜色标注，数据来源于Hauer et al.（2019）
- 文件名称：Annexe 2.xlsx，格式：Excel表格，内容：研究panel 3中187株F7（SB0821）和F15（SB0832）基因型牛分枝杆菌基因组信息，部分数据已发表（Duault et al., 2022），未发表数据标注为NA
- 文件名称：Annexe 3.xlsx，格式：Excel表格，内容：研究panel 4中227株SB0120-DHV基因型牛分枝杆菌基因组信息，数据未发表，“Date de dépot”和“Bio-échantillon Genbank”列标注为NA
- 文件名称：Annexe 4.xlsx，格式：Excel表格，内容：比利牛斯-大西洋省SB0821和SB0832基因型牛分枝杆菌菌株IS6110插入位点信息，含插入片段起止位置，通过ISMapper工具以AF2122/97为参考基因组确定
- 文件名称：Annexe 5.xlsx，格式：Excel表格，内容：SB0120-DHV基因型牛分枝杆菌菌株IS6110插入位点信息，含插入片段起止位置，通过ISMapper工具以Mb3601为参考基因组确定
- 文件名称：annexe 6.PNG，格式：PNG图片，内容：Modenesi（2019）实习报告中的300株SB0120-DHV菌株圆形共识系统发育树，分为11个彩色分支，标注Beast工具计算的后验概率值，panel 3中227株菌株为该树中测序质量达标的样本
适用场景
- 牛分枝杆菌遗传特征研究：分析不同基因型菌株的基因组聚类及遗传多样性
- 插入序列分析：探究IS6110插入位点在不同地理区域/基因型菌株中的分布规律
- 系统发育分析：基于已有系统发育树研究SB0120-DHV菌株的进化关系
- 兽医公共卫生研究：为法国牛分枝杆菌流行菌株的监测与防控提供遗传数据支持
