数据集概述
本数据集包含小巽他群岛Fejervarya属三种（或物种复合体）蛙类的线粒体DNA（mtDNA）序列数据及系统发育分析结果，涉及F. cancrivora、F. iskandari和F. verruculosa三个类群。数据通过IQTree（最大似然法）和BEAST2（贝叶斯法）两种软件分析生成，包含序列比对、结果文件、日志文件和系统发育树文件等，共21个文件。
文件详解
- 序列比对与输入文件
- 文件名称：cancrivora_verruculosa_IQTree.phy、iskandari_IQTree.phy、verruculosa_beast.fas、iskandari_beast.fas
- 文件格式：.phy、.fas
- 字段映射介绍：包含16S核糖体RNA基因和COI基因的mtDNA序列比对数据，用于系统发育分析的输入
- 系统发育树文件
- 文件名称：verruculosa_combined.trees、iskandari_beast_run1.trees、iskandari_beast_run2.trees、verruculosa_beast_run1.trees、verruculosa_beast_run2.trees、verruculosa_combined.tre、iskandari_combined.tre
- 文件格式：.trees、.tre
- 字段映射介绍：存储系统发育分析生成的树结构数据，包括不同软件和重复运行的结果
- 分析结果与日志文件
- 文件名称：iskandari_IQTree_results.txt、cancrivora_verruculosa_IQTree_results.txt、iskandari_beast_run1.log、iskandari_beast_run2.log、verruculosa_beast_run1.log、verruculosa_beast_run2.log
- 文件格式：.txt、.log
- 字段映射介绍：记录IQTree分析的结果（含模型选择、树推断信息）和BEAST2运行的日志数据
- 分析配置文件
- 文件名称：iskandari_beast.xml、varruculosa_beast.xml
- 文件格式：.xml
- 字段映射介绍：BEAST2软件的分析配置文件，包含参数设置、模型选择等元数据
- 说明文档
- 文件名称：README.md
- 文件格式：.md
- 字段映射介绍：数据集说明文档，包含数据来源、分析流程、软件版本等背景信息
适用场景
- 两栖动物分子系统发育研究: 分析Fejervarya属蛙类的亲缘关系、物种界定及演化历史
- 生物地理学分析: 结合小巽他群岛地质背景，探究蛙类物种分布与区域 tectonic 活动的关联
- 分子进化模型验证: 比较IQTree（最大似然法）与BEAST2（贝叶斯法）的系统发育分析结果差异
- 物种多样性保护: 为小巽他群岛特有两栖动物的保护策略制定提供分子遗传学依据
- 基因序列比对方法评估: 验证Clustal Omega等比对工具在mtDNA序列分析中的适用性
