数据集概述
本数据集围绕粪壳菌目(Sordariomycetes)真菌的衰老性状与基质生态的关联性展开研究,通过分析菌株寿命、构建系统发育树及相关性检验,验证衰老作为适应短暂基质的演化性状假设,包含演化分析相关的系统发育树、特征矩阵及序列比对文件。
文件详解
该数据集包含12个文件,按类型分为三类,具体说明如下:
- 系统发育树文件(.nwk格式,共6个):
- Tree-Minimum Evolution ITS Tree all.nwk:基于ITS序列构建的最小进化树(全样本)
- Tree-Minimum Evolution non-redundant.nwk:基于非冗余样本构建的最小进化树
- Tree-all Most Parsimonious ITS trees all.nwk:基于ITS序列构建的所有最简约树(全样本)
- Tree-all Most Parsimonious trees non-redundant.nwk:基于非冗余样本构建的所有最简约树
- Tree-Maximum Likelihood ITS tree all.nwk:基于ITS序列构建的最大似然树(全样本)
- Tree-Maximum Likelihood ITS non-redundant.nwk:基于非冗余样本构建的最大似然树
- 特征矩阵文件(.pdf格式,共4个):
- Character matrix-final scenario.pdf:最终场景下的特征矩阵文档
- Character matric-non-redundant scenario.pdf:非冗余样本场景下的特征矩阵文档
- Character matrix-best scenario.pdf:最佳场景下的特征矩阵文档
- Character matrix-worst case scenario.pdf:最坏案例场景下的特征矩阵文档
- 序列比对文件(.txt格式,共2个):
- Alignment ITS sequences.txt:ITS序列比对文件,包含菌株序列信息(如Gelasinospora_tetrasperma的ITS序列片段)
- Alignment non-redundant ITS sequences.txt:非冗余ITS序列比对文件
适用场景
- 真菌演化生物学研究:分析粪壳菌目衰老性状的系统发育分布规律
- 生态适应性研究:探究真菌衰老与短暂基质利用的关联性演化机制
- 系统发育分析方法应用:验证不同算法(最小进化法、最大似然法、最简约法)构建真菌系统发育树的效果
- 微生物生态学研究:辅助理解真菌生态位(如粪生环境)与生物学性状的协同演化关系