数据集概述
本数据集包含凤尾藓属（Fissidens）苔藓植物标本的形态特征数据及DNA序列数据，其中DNA序列通过Sanger测序和靶标捕获方法生成。数据用于检验形态特征与微生境变化的关系，支持系统发育树构建、亚属/组单系性验证、祖先特征重建及形态特征与生境湿度的系统发育相关性分析。
文件详解
- 说明文档与配置文件（TXT格式）
- 文件名称：README_Budke_Patel_FissidensSequenceData.txt、Budke.ProbeOG.NoDups.11Nov2019_Partitions.txt、Budke.ProbeOG.NoDups.11Nov2019.GeneBoundaries.txt、Budke.FullOG.NoDups.11Nov2019.GeneBoundaries.txt、Budke.FullOG.NoDups.11Nov2019.Partitions.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含数据集说明、基因分区信息、基因边界位置等内容，如Partitions.txt文件记录DNA序列的子集分区范围，GeneBoundaries.txt文件标注基因序列的边界位置
- 序列比对文件（ZIP格式）
- 文件名称：FullAlignments.zip、ProbeAlignments.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：压缩包内包含完整序列比对数据及靶标捕获序列比对数据
- 系统发育树文件（result格式）
- 文件名称：RAxML_FullOG.bipartitionsBranchLabels.result、RAxML_ProbeOG.bipartitionsBranchLabels.result
- 文件格式：result
- 字段映射介绍：包含通过ASTRAL和贝叶斯推断生成的系统发育树结果，带有分支标签信息
- 映射文件（CSV格式）
- 文件名称：MappingFile_ThreeGeneDataset_V3.csv、MappingFile_GoFlagData_V3.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含系统发育名称、内群/外群分类、物种名称、亚属/组分类、标本馆编号等字段，如ThreeGeneDataset映射文件记录三基因数据集的分类信息，GoFlagData映射文件补充标本馆编号等元数据
- 序列文件（phy格式）
- 文件名称：Budke.ProbeOG.NoDups.11Nov2019.phy、Budke.FullOG.NoDups.11Nov2019.phy
- 文件格式：phy
- 字段映射介绍：包含无重复的靶标捕获序列及完整序列数据
- 参考映射文件（docx格式）
- 文件名称：MappingFile_References.docx
- 文件格式：docx
- 字段映射介绍：包含映射文件的参考信息文档
数据来源
田纳西大学Jessica M. Budke团队
适用场景
- 苔藓植物系统发育研究: 利用多基因序列数据构建凤尾藓属的系统发育树，验证亚属/组的单系性
- 形态特征演化分析: 通过祖先特征重建，探究凤尾藓属形态特征（如腋生透明结节、叶边、中肋等）的演化规律
- 生境适应性研究: 分析形态特征与生境湿度的相关性，揭示苔藓植物对微生境变化的适应机制
- 植物分类学验证: 结合形态与分子数据，完善凤尾藓属的分类系统
- 标本馆数据应用: 基于标本馆标本的分子数据，拓展历史标本在系统发育研究中的应用场景
