数据集概述
本数据集是Galaxy IUC SnapATAC2工具的测试数据，基于已发表的10x人类PBMC 500单细胞ATAC-seq数据，仅保留21号染色体过滤后的结果，包含27个相关文件，支持工具功能验证与流程测试。
文件详解
- 核心数据文件（.h5ad格式，共16个）
- 示例文件：pp.knn.pbmc_500_chr21.h5ad、tl.marker_regions.pbmc_500_chr21.h5ad等
- 内容：存储单细胞ATAC-seq数据处理各阶段的结果，涵盖细胞过滤、特征矩阵构建、聚类、标记区域识别等流程数据
- 压缩文件（.gz格式，共5个）
- 示例文件：snap_datasets_pbmc10k_multiome_ATAC.h5ad.gz、pp.import_fragments.h5ad.gz等
- 内容：压缩的单细胞多组学数据文件及片段文件，包含PBMC 10k样本的ATAC和RNA数据
- 文档与可视化文件
- 示例文件：pl.frag_size_distr.pdf、pl.spectral_eigenvalues.pdf、pl.umap.svg
- 内容：PDF格式的片段大小分布、特征值分析图表，SVG格式的UMAP降维可视化结果
- 其他文件
- 示例文件：merged_peaks.tabular（合并峰表）、cre_hea.bed（调控元件位置文件）、pbmc_500_chr21_subsample.bam（测序比对文件）
- 内容：存储实验结果的表格、基因组区域注释及测序原始数据
适用场景
- 生物信息学工具测试：验证Galaxy IUC平台上SnapATAC2工具的功能完整性与流程稳定性
- 单细胞ATAC-seq数据分析流程验证：复现细胞过滤、特征构建、聚类等标准分析步骤
- 多组学数据整合研究：探索ATAC-seq与RNA-seq数据的联合分析方法
- 基因组调控元件研究：基于标记区域与合并峰数据，分析细胞类型特异性调控元件
- 生物信息学教学：作为单细胞表观基因组学数据分析的教学案例数据
