数据集概述
本数据集基于Malécot-Morton模型构建商业鸡品种的连锁不平衡（LD）图谱，涵盖肉鸡、白蛋鸡和褐蛋鸡三个商业品系的高分辨率LD特征。数据揭示了不同品种间精细尺度LD模式的低一致性，以及LD断裂区域与功能元件的关联，为家禽基因组选择及遗传机制研究提供支撑。
文件详解
- 压缩文件（Gallus_genotypes.zip）
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：包含三个商业鸡品系的基因型数据，分三个文件存储（WEL=白蛋鸡、BEL=褐蛋鸡、BRO=肉鸡）；基因型经过质量控制（等位基因频率>5%、哈迪-温伯格平衡p>0.001、基因分型率>95%）；采用PLINK格式存储。
- 说明文档（README_for_Gallus_genotypes.zip.txt）
- 文件格式：TXT
- 内容说明：记录数据集来源（Pengelly et al, 2016）及对应论文标题；说明压缩包内文件的品系分类、质量控制标准和数据格式（PLINK）。
数据来源
Pengelly et al, 2016发表的论文“Commercial chicken breeds exhibit highly divergent patterns of linkage disequilibrium”
适用场景
- 家禽基因组选择：分析不同商业鸡品系的LD结构，优化基因型检测面板设计，支撑基因组选择育种方案。
- 遗传机制研究：探究鸡基因组中LD断裂区域与重组热点、功能元件（如CpG岛、转录起始位点）的关联机制。
- 品种遗传多样性评估：比较肉鸡、白蛋鸡、褐蛋鸡间的LD模式差异，解析品种间遗传分化特征。
- 数量性状定位：基于高分辨率LD图谱，提升鸡重要经济性状的关联分析精度。
