数据集概述
本数据集为大鼠脑蛋白表达遗传调控研究的系统性数据，包含72个文件，涵盖样本信息、动物信息、蛋白表达量、GEMMA分析结果、pQTL分析文件、图表生成代码及表型数据等。通过串联质谱标签（TMT）定量质谱技术，对自发性高血压大鼠（SHR/Olalpcv）、多趾-错位棕色挪威大鼠（BN-Lx/Cub）及其29个近交后代的脑蛋白组进行量化，涉及蛋白表达差异分析、pQTL定位及跨物种关联等研究内容。
文件详解
- 样本与动物信息文件
- 文件名称：sample_info.xlsx、Animal_infomation.xlsx、sample_info_all.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：记录实验样本的分组、编号、来源等基础信息，以及实验动物的品系、性别、遗传背景等核心属性
- 蛋白表达数据文件
- 文件名称：protein_expression_mean_by_strain.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：按大鼠品系统计的蛋白表达量均值数据，包含不同品系的蛋白表达水平对比信息
- 遗传分析结果文件
- 文件名称：step_5_gemma_results_celltype_Neuron.txt、noperm_Q9Z1E1.txt、noperm_Q6AY99_protein.txt等44个TXT文件
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含cis-pQTL分析结果，涉及基因名称、染色体位置、变异位点、效应值、统计显著性（如p值、FDR）等关键信息；其中step_5_gemma_results_celltype_Neuron.txt针对神经元细胞类型的GEMMA分析结果，记录了基因关联的染色体区域、标记位点及统计参数
- 图表与代码文件
- 文件名称：Figure_4_B_effect_size.R、Figure_3_B_pQTL.R、Figure_2_D_KEGG.R等15个R文件
- 文件格式：R
- 字段映射介绍：用于生成研究图表的代码脚本，涉及效应值可视化、pQTL分布分析、KEGG通路分析等功能
- 辅助数据文件
- 文件名称：rat_chr_length.xlsx、phenotypes_acq_webQTL_110204.xls
- 文件格式：XLSX、XLS
- 字段映射介绍：大鼠染色体长度数据，以及WebQTL平台获取的表型数据，支持遗传定位与表型关联分析
适用场景
- 蛋白质组学遗传调控研究：分析大鼠脑蛋白表达的遗传变异机制，探索cis-pQTL对蛋白表达的影响
- 神经生物学研究：探究脑蛋白表达与中枢神经系统复杂性状的功能关联，支持神经疾病机制分析
- 跨物种医学转化研究：通过大鼠pQTL与人类疾病的关联分析，挖掘潜在的疾病治疗靶点
- 生物信息学方法验证：利用标准化的蛋白组-基因组数据集，验证遗传定位算法（如GEMMA）的性能
- 实验设计参考：为大规模动物模型蛋白组学实验提供样本管理、数据处理及结果呈现的范式
