数据集概述
本数据集包含通过改良DNA捕获协议与大规模并行测序技术,从6只西部黑猩猩粪便样本中获取的基因组数据,覆盖21号染色体、X染色体超1.5兆碱基及完整线粒体基因组,验证了非侵入性样本基因组研究的可行性,可用于分析该亚种遗传多样性。
文件详解
- 文件名称:README_for_DatasetS1.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:说明Dataset S1为过滤后的测序覆盖度汇总数据,采用SamTools pileup格式,记录21号染色体和X染色体目标位置的核苷酸读取情况(正链为大写,负链为小写),并过滤了对齐数>1的位点以避免扩增偏差。
- 文件名称:DatasetS1.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:压缩包内包含粪便样本基因组捕获测序的核心数据,具体内容需解压后查看,推测为符合README描述的测序覆盖度数据文件。
数据来源
论文“Genomic-scale capture and sequencing of endogenous DNA from feces”
适用场景
- 濒危物种保护遗传学研究:利用粪便样本基因组数据分析西部黑猩猩遗传多样性,支持保护策略制定。
- 非侵入性样本基因组技术验证:评估改良DNA捕获协议在低质量粪便DNA中的应用效果与准确性。
- 物种演化历史分析:通过X染色体与常染色体多样性比例,探究西部黑猩猩特殊的种群 demographic 历史。
- 线粒体基因组多样性研究:基于完整线粒体基因组数据,分析黑猩猩亚种内的母系遗传结构。