数据集概述
本数据集包含GMXPBSA 2.0程序的完整软件包，这是一个基于Bash/Perl脚本的用户友好工具套件，专门用于处理GROMACS分子动力学模拟轨迹衍生的结构集合，进行MM/PBSA（分子力学/泊松-玻尔兹曼表面积）计算。该工具可自动计算蛋白质-蛋白质或配体-蛋白质复合物的结合自由能，并支持计算丙氨酸扫描（CAS）分析突变对结合自由能的影响。
文件详解
- 软件压缩包
- 文件名称：
aetq_v1_0.tar.gz
- 文件格式： GZ（压缩归档文件）
- 字段映射介绍： 该文件为完整的软件源代码和脚本打包，包含用于执行MM/PBSA计算的全部必要组件，涵盖分子力学数据（Lennard-Jones和Coulomb项）和溶剂化能项（极性和非极性项）的计算模块。
数据来源
CPC程序库（Queen's University Belfast）
适用场景
- 蛋白质-配体相互作用研究: 通过MM/PBSA方法计算生物分子复合物的结合自由能，评估相互作用强度。
- 计算丙氨酸扫描分析: 研究配体或受体丙氨酸突变对结合自由能的影响，识别关键残基。
- 分子动力学模拟后处理: 对GROMACS轨迹衍生的结构集合进行自动化结合能分析。
- 药物设计辅助工具: 为基于结构的药物设计提供结合亲和力的计算评估。
- 计算方法开发与验证: 作为MM/PBSA计算流程的参考实现，支持相关算法的比较和优化。
