数据集概述
本数据集为QuantSeq测序数据中核苷酸转换（T>C）模拟的处理结果，用于研究4sU诱导的映射损伤（受读长和文库制备方法影响）及grandRescue工具的缓解效果。包含处理前后的完整输出文件、GRAND-SLAM结果表等，共6个文件，支持基因测序映射损伤机制与修复工具的分析。
文件详解
- 核心数据文件（.tsv格式）
- 文件名称：mapSim_resc.binomEstimated.tsv、mapSim_noResc.binomEstimated.tsv
- 字段映射介绍：包含Condition（实验条件）、conv_old（原始转换率）、conv_new（新转换率）、p_new_lower（p值下限）、p_new（p值）、p_new_upper（p值上限）、Status（状态）等字段
- 压缩包文件（.zip格式）
- 文件名称：mapSim_noResc.zip、mapSim_resc.zip
- 内容说明：分别存储rescue处理前、后的完整处理流程输出（含映射读段、运行脚本及结果）
- 压缩结果表（.tsv.gz格式）
- 文件名称：mapSim_noResc.tsv.gz、mapSim_resc.tsv.gz
- 内容说明：GRAND-SLAM工具生成的输出表格压缩文件
数据来源
原始数据来自Lee, J. W. et al.（https://doi.org/10.1038/s41586-019-1004-y），GEO登录号GSE109480（样本：GSM2944116 – GSM2944120）
适用场景
- 基因测序映射损伤机制研究：分析4sU诱导的核苷酸转换对QuantSeq数据映射准确性的影响
- 测序工具性能评估：验证grandRescue工具对4sU诱导映射损伤的缓解效果
- 文库制备方法优化：探究不同文库制备方法对测序数据映射质量的作用
- 基因测序数据分析流程构建：基于提供的处理脚本和输出文件，建立类似的测序数据模拟与分析流程
