数据集概述
本数据集通过小分子RNA测序分析,对比谷氨酸损伤组(3样本)与ADSC-EVs预处理后谷氨酸损伤组(3样本)的R28细胞,旨在识别调控兴奋性毒性的关键微小RNA,包含测序数据、注释结果及差异表达分析文件。
文件详解
该数据集按功能目录分类,包含以下核心文件:
- 质量控制文件(QCTable/目录):
- QC.xlsx:质量控制统计数据
- EVs_1.length.txt等:序列长度分布数据
- EVs_2.length.distribution.pdf等:长度分布可视化图表
- 基因组比对文件(genome_mapping/目录):
- genome.alignment.stat.xlsx:基因组比对统计数据
- 注释摘要文件(annotation_summary/目录):
- EVs_1.all.piechart.pdf等:注释结果饼图
- EVs_2.annotation.length.all.pdf等:注释序列长度分布图表
- EVs_1.annotation.stat.xls等:注释统计表格
- 微小RNA注释文件(miRNA_annotation/目录):
- EVs_1.mature.all.base.distribution.pdf等:成熟miRNA碱基分布图表
- 微小RNA表达文件(miRNA_expression/目录):
- counts.xlsx:表达量计数数据
- box-TPM.pdf:TPM值箱线图
- heatmap-coefficient_matrix.pdf:相关性热图
- 差异表达分析文件(Glu-vs-EVs different_expressed_miRNA/目录):
- Glu-vs-EVs-volcano-pval-0.05-FC-2.miRNA.png:差异表达火山图
- Glu-vs-EVs-heatmap-pval-0.05-FC-2.miRNA.pdf:差异表达热图
- Glu-vs-EVs-diff-pval-0.05-FC-2.miRNA.xls:差异表达miRNA列表
- 靶基因预测文件(target_predict_analysis/目录):
- Glu-vs-EVs.target.result.xls:靶基因预测结果
- calcium pathyway result.xlsx:钙通路分析结果
- 重复元件注释文件(Repbase_annotation/目录):
- EVs_1_repeat_element_distribution_total.png等:重复元件分布图表
- Rfam注释文件(Rfam_annotation/目录):
- EVs_2.Rfam.stat.xls等:Rfam注释统计数据
适用场景
- 神经生物学研究:分析ADSC-EVs对谷氨酸损伤R28细胞的保护机制
- 微小RNA功能研究:识别调控兴奋性毒性的关键miRNA
- 生物信息学分析:验证小分子RNA测序数据的分析流程
- 药物开发研究:探索ADSC-EVs作为神经保护剂的潜在靶点
- 细胞损伤机制研究:解析谷氨酸兴奋性毒性的分子调控网络