数据集概述
本数据集基于自然历史馆藏基因组数据，探究古柯（含四种栽培品种）的地理起源与遗传多样性，通过系统发育分析验证其源自野生种Erythroxylum gracilipes的多次独立驯化假说，为理解这一经济与文化重要作物的驯化历史提供支撑。
文件详解
- 系统发育分析文件（.nex格式，共9个）：
- 示例文件：Fig2b_SVDquartets.nex、FigS7_ML-SNP_geneConcordance.nex
- 内容：包含用于构建系统发育树的SNP数据与分析脚本，支持ASTRAL、SVDquartets等方法的进化关系推断
- 基因组数据文件（.txt格式，共2个）：
- cocaABC_SNPset1.snp.txt、cocaABC_SNPset2.snp.txt
- 内容：SNP数据集，字段含样本编号（如coca_11404）、群体标识（POP）及基因位点碱基信息（A/A等）
- 文档与图片文件：
- White_2020_SystBiol_SupplementaryMaterial.pdf：研究补充材料文档
- Wasshausen_1053.jpg：可能为样本或实验相关图片
适用场景
- 植物驯化历史研究：分析古柯多次独立驯化的遗传证据与地理起源
- 系统发育生物学：探究栽培古柯与野生近缘种的进化关系
- 农业生物多样性：评估古柯遗传多样性及品种分化机制
- 民族植物学：结合驯化时间线研究南美不同人群对自然资源的利用模式
