数据集概述
本数据集为论文“Genome- and Transcriptome-wide association meta-analysis reveals new insights into genes affecting coronary and peripheral artery disease”的补充文件，包含全基因组（GWAMA）和转录组（TWAMA、S-PrediXcan）关联分析的结果数据，涉及冠状动脉与外周动脉疾病相关的遗传变异、基因表达等信息，支持心血管疾病的基因机制研究。
文件详解
- GWAMA_ABI_summarystat_formated_fixedeffects.csv.gz
- 文件格式：CSV.GZ
- 字段映射：包含variant_id（变异ID）、chromosome（染色体）、base_pair_location（碱基对位置）、p_value（固定效应P值）、effect_allele（效应等位基因）、other_allele（其他等位基因）、effect_allele_frequency（效应等位基因频率）、beta（固定效应β值）、standard_error（标准误）、info_score（填充质量得分）、numberStudies（研究数量）、n（样本量）、CochransQ（ Cochran's Q统计量）、pCochransQ（Q检验P值）、I2（异质性I²统计量）
- GWAMA_ABI_summarystat_formated_randomeffects.csv.gz
- 文件格式：CSV.GZ
- 字段映射：包含variant_id（变异ID）、chromosome（染色体）、base_pair_location（碱基对位置）、p_value（随机效应P值）、effect_allele（效应等位基因）、other_allele（其他等位基因）、effect_allele_frequency（效应等位基因频率）、beta（随机效应β值）、standard_error（标准误）、info_score（填充质量得分）、numberStudies（研究数量）、n（样本量）、CochransQ（ Cochran's Q统计量）、pCochransQ（Q检验P值）、I2（异质性I²统计量）
- S-PrediXcan_results.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射：包含动脉组织（主动脉、冠状动脉、胫骨动脉）及全血的S-PrediXcan分析结果（z值、P值），TWAMA_前缀列（基因表达元分析的t统计量、P值），通过基因符号合并S-PrediXcan与TWAMA结果
- TWAMA_results.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射：包含PROBE_ID（探针ID）、beta_adult/heart（研究回归系数）、SE_adult/heart（标准误）、CI.L/R_adult/heart（置信区间）、pval_adult/heart（P值）、TE.fixed/random（固定/随机效应估计）、seTE.fixed/random（标准误）、pval.fixed/random（P值）、Q（Cochran's Q）、pval.Q（Q检验P值）、I2（异质性I²）、tau2（tau²）、padj_fixed/random（校正P值）、symbol_INGENUITY（基因符号）、synonyms_INGENUITY（基因别名）、description_INGENUITY（基因描述）
数据来源
论文“Genome- and Transcriptome-wide association meta-analysis reveals new insights into genes affecting coronary and peripheral artery disease”
适用场景
- 心血管疾病基因机制研究: 分析影响冠状动脉与外周动脉疾病的遗传变异及基因表达特征
- 全基因组关联分析验证: 利用GWAMA固定/随机效应结果，验证遗传变异与疾病的关联
- 转录组关联分析应用: 通过TWAMA、S-PrediXcan结果，探究基因表达对疾病的影响
- 医学研究数据补充: 为心血管疾病相关的基因研究提供标准化的元分析数据支持
