数据集概述
本数据集基于多基因方法开展血孢子虫（Haemosporida）的系统发育研究，包含7种血孢子虫的21个核基因片段序列及25种顶复门物种的基因组数据，总比对长度达20,580碱基对。通过贝叶斯推断、最大似然法等分析揭示血孢子虫的深层系统发育关系，为理解其进化历史、宿主转换及生物学多样性提供数据支持。
文件详解
- README.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：数据集说明文档，包含各压缩文件的内容描述（如super_alignments.zip为串联多基因比对的Fasta文件）
- single_genes_aa.zip
- 文件格式：ZIP（内含Fasta文件）
- 字段映射介绍：21个核基因的单基因氨基酸序列比对文件，使用MAFFT L-INS-i v7.013构建
- single_genes_aa_gblocks.zip
- 文件格式：ZIP（内含Fasta文件）
- 字段映射介绍：经Gblocks 0.91b处理后的单基因氨基酸序列比对文件
- single_genes_codons.zip
- 文件格式：ZIP（内含Fasta文件）
- 字段映射介绍：21个核基因的单基因密码子序列比对文件
- single_genes_codons_gblocks.zip
- 文件格式：ZIP（内含Fasta文件）
- 字段映射介绍：经Gblocks 0.91b处理后的单基因密码子序列比对文件
- single_genes_martinsen_schaer_borner_combined.zip
- 文件格式：ZIP（内含Fasta文件）
- 字段映射介绍：整合Martinsen、Schaer、Borner研究数据的单基因序列比对文件
- super_alignments.zip
- 文件格式：ZIP（内含Fasta文件）
- 字段映射介绍：串联多基因比对文件，对应补充表S4中的数据集
数据来源
论文“Phylogeny of haemosporidian blood parasites revealed by a multi-gene approach”
适用场景
- 血孢子虫系统发育研究: 分析Leucocytozoon、Plasmodium等属的深层进化关系，验证宿主转换事件
- 寄生虫进化生物学分析: 基于多基因序列数据探究血孢子虫的生物学多样性及生活史特征起源
- 基因序列比对方法评估: 对比MAFFT与Gblocks处理后的序列比对结果对系统发育分析的影响
- 顶复门物种进化比较: 结合25种顶复门物种基因组数据，开展跨物种进化关系研究
- 疟疾寄生虫起源追溯: 解析Plasmodium属的系统发育位置，为人类疟疾防控提供进化生物学依据
