海岸松气候与基因组数据结合的树高生长预测数据集

数据集概述

该数据集包含海岸松(Pinus pinaster Aiton)的气候与基因组数据,用于结合两种数据类型提升大范围树高生长预测的准确性。数据来自5个无性系公共花园的34个种源(523个基因型),涵盖遗传关系矩阵、SNP数据、高度生长相关的MCMC结果及正效应等位基因计数等信息,为研究树木生长的遗传与环境驱动因素提供数据支持。

文件详解

  • 核心数据文件:
  • GenomicData_5165SNPs_523clones.csv:CSV格式,包含5165个SNP位点的基因型数据,覆盖523个无性系
  • GRM_A1.csv至GRM_A6.csv:CSV格式,共6个遗传关系矩阵(GRM)文件,记录不同种源或基因型间的遗传关系
  • CountPEAs.csv:CSV格式,正效应高度关联等位基因(PEAs)的计数数据
  • 分析结果文件:
  • height_all_sites_res.mcmc.txt、height_french_atlantic_res.mcmc.txt、height_iberian_atlantic_res.mcmc.txt、height_mediterranean_res.mcmc.txt:TXT格式,共4个MCMC分析结果文件,包含SNP位点的后验概率、beta系数等参数(如SNP_0001的beta值为-0.06244)
  • 说明文档:
  • README.html:HTML格式,数据集说明文档

适用场景

  • 森林遗传学研究:分析海岸松高度生长的遗传变异与气候适应性机制
  • 林业预测模型构建:结合气候与基因组数据优化树木生长预测模型
  • 分子标记辅助选择:筛选与树高生长相关的正效应等位基因,应用于林木育种
  • 气候变化影响评估:预测不同气候情景下海岸松的生长表现与分布变化
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数据与资源

附加信息

字段
作者 Maxj
版本 1
数据集大小 59.73 MiB
最后更新 2025年12月15日
创建于 2025年12月15日
声明 当前数据集部分源数据来源于公开互联网,如果有侵权,请24小时联系删除(400-600-6816)。