数据集概述
本数据集为论文“Kin selection explains the evolution of cooperation in the gut microbiota”的配套数据，包含研究所需的原始及处理后材料、统计分析与图表生成代码，以及人类微生物组计划（HMP）粪便样本的测序数据清单，支持研究结果的复现与延伸分析。
文件详解
- 数据文件
- 文件名称：Simonet_McNally_2020_DatasetS1.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：含9个工作表，包括宏基因组样本及访问链接、细菌合作相关文献参考、关键词列表、GO注释结果、基因组多样性数据及统计分析用最终数据集等
- 文件名称：HMP_manifest_metadata_1955206147.tsv、HMP_manifest_68fb5dcb39.tsv
- 文件格式：TSV
- 字段映射介绍：HMP粪便样本测序数据清单，含样本ID、受试者信息、文件ID、MD5值、数据链接等字段
- 代码文件
- 文件名称：0_samples_data.R、11_statistical_analyses.R、12_figures_main.R等10个.r文件；1_midas_per_sample.sh、2_midas_merge.sh等6个.sh文件
- 文件格式：.R、.sh
- 字段映射介绍：用于样本数据处理、统计分析、主图及补充图生成的代码脚本，需结合README.md查看使用说明
- 文档文件
- 文件名称：README.md
- 文件格式：MD
- 字段映射介绍：数据集及代码仓库说明，含数据来源、文件结构、脚本用途等指引信息
数据来源
论文“Kin selection explains the evolution of cooperation in the gut microbiota”及GitHub仓库（https://github.com/CamilleAnna/HamiltonRuleMicrobiome_gitRepos.git）
适用场景
- 微生物进化研究：分析亲缘选择对肠道菌群合作行为进化的作用机制
- 宏基因组数据分析：基于HMP粪便样本测序数据，开展肠道微生物群结构与功能研究
- 生物信息学方法复现：利用提供的R与Shell代码，复现论文中的统计分析与可视化结果
- 微生物合作行为注释：通过GO术语列表与文献参考，拓展肠道细菌合作相关功能的注释研究
