核酸结构价态几何验证新目标与程序补充数据集

数据集概述

本数据集为论文《New Targets And Procedures For Validating The Valence Geometry Of Nucleic Acid Structures》的补充数据,包含核酸结构价态几何验证相关的参考数据集、阈值、约束条件列表、代码及分析结果,支持核酸结构几何验证方法的复现与应用。

文件详解

  • 文件名称: pdb_na_reference_set.zip,文件格式: ZIP,内容: 完整的PDB-NA参考数据集压缩包
  • 文件名称: zprime_thresholds.zip,文件格式: ZIP,内容: 加权非对称非参数标准分(Z')阈值压缩包
  • 文件名称: restraints_in literature_and_refinement_software.xlsx,文件格式: XLSX,内容: 文献及精修程序中核酸键长和角度的几何约束列表
  • 文件名称: filtering_and_prosco_code.zip,文件格式: ZIP,内容: PDB-NA参考数据集过滤及概率百分位得分(ProSco)计算代码压缩包
  • 文件名称: residues_removed_after_expert_inspection.csv,文件格式: CSV,内容: 专家人工检查后从PDB-NA参考数据集中排除的残基列表,包含字段pdbid、chain、residue name、residue number
  • 文件名称: prosco_json.zip,文件格式: ZIP,内容: 所有分析的键长和角度ProSco值的JSON格式压缩包

适用场景

  • 生物信息学研究: 用于核酸结构价态几何验证方法的开发与优化
  • 结构生物学分析: 支持核酸结构模型的质量评估与精修
  • 计算生物学应用: 复现论文提出的ProSco得分计算流程
  • 学术研究验证: 为相关领域研究提供标准化的参考数据集与阈值参数
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数据与资源

附加信息

字段
作者 Maxj
版本 1
数据集大小 31.18 MiB
最后更新 2025年12月12日
创建于 2025年12月12日
声明 当前数据集部分源数据来源于公开互联网,如果有侵权,请24小时联系删除(400-600-6816)。