hg19与六种哺乳动物基因组L1插入比较数据集

数据集概述

该数据集包含人类基因组hg19中所有经RepeatMasker注释的L1元件的跨物种比较结果，记录其在六种哺乳动物基因组中的存在状态（包括缺失、退化、非LINE或存在），为研究L1元件的进化保守性提供基础数据。

文件详解

• 文件名称: TableS5_annotation_L1elements_hg19.tab.gz
• 文件格式: .gz（压缩文件）
• 字段说明:
• 前十一列: RepeatMasker提供的L1元件基础注释信息
• 中间四列: 关联研究中使用的L1元件补充注释
• 剩余列: L1元件在六种目标基因组（hg38、gorGor5、rheMac8、mm10、rn6、bosTau8、canFam3）中的比对状态（absent/degenerate/notLINE/present）

适用场景

• 基因组进化研究: 分析L1元件在不同哺乳动物中的保守性与分化模式
• 重复序列功能分析: 探究L1元件的跨物种分布对基因组结构的影响
• 分子演化机制研究: 识别物种特异性L1插入事件及其进化意义
• 比较基因组学分析: 辅助构建哺乳动物基因组重复序列的进化关系模型