数据集概述
本数据集为石蒜科Hippeastreae族二倍体类群的系统发育研究数据，包含通过杂交富集和下一代测序获得的18个核基因座、近完整质体基因组及39个自动组装基因座数据，用于分析该类群的进化关系、基因树异质性及核质不一致性，探究古老杂交事件和不完全谱系分选的影响。
文件详解
- 代码文件
- 文件名称：get_reads_w_blat_hit_pe.py、run_cut_trim_blat.qsub.sh
- 文件格式：.py、.sh
- 字段映射介绍：用于数据处理的脚本文件，包括读取BLAT比对结果的Python脚本和运行序列剪切、修剪与比对的批处理脚本
- 压缩包文件
- 文件名称：networks.zip、aTRAM_alignments&trees.zip、BUCKy.zip、concatenated_alignments&trees.zip、BEAST.zip、coalescent simulations.zip
- 文件格式：.zip
- 字段映射介绍：包含网络重建结果、aTRAM组装的比对与树文件、BUCKy分析结果、串联比对与树文件、BEAST分析文件、 coalescent模拟数据等
- 参考序列文件
- 文件名称：bait-120-60-selection_NG.fasta、references_Illumina_9XII2016.fasta
- 文件格式：.fasta
- 字段映射介绍：包含杂交富集的探针序列及Illumina测序参考序列
数据来源
论文“Deep reticulation and incomplete lineage sorting obscure the diploid phylogeny of rain-lilies and allies (Amaryllidaceae tribe Hippeastreae)”
适用场景
- 植物系统发育研究: 用于重建Hippeastreae族二倍体类群的进化关系，分析核质不一致性及基因树异质性
- 杂交事件检测: 通过网络重建等方法探究该类群中的古老杂交事件
- 谱系分选分析: 利用coalescent模拟数据研究不完全谱系分选对系统发育的影响
- 基因组数据分析方法验证: 对比串联、 coalescent-based等不同系统发育分析方法的结果差异
- 植物进化机制研究: 分析染色体数目变化与核基因谱系的关联，探讨进化驱动力
