数据集概述
本数据集为论文“Host-derived viral transporter protein for nitrogen uptake in infected marine phytoplankton”配套数据，包含系统发育树重建相关的蛋白序列比对、树文件及环境序列放置文件，以及铵盐、尿素测定和Omnilog表型筛选等实验数据，共24个文件，用于研究受感染海洋浮游植物中宿主来源病毒转运蛋白的氮吸收功能。
文件详解
- 系统发育树相关文件
- 文件名称：包括Amt_subtree_protein_alignment_raw.fasta、Amt_subtree_protein_alignment_masked.fasta、Amt_Mep_Rh_superfamily_protein_alignment_raw.fas、DNApolB_viral_protein_alignment_raw.fasta等11个.fasta文件，Amt_subtree_ML.nwk、Amt_Mep_Rh_superfamily_approxML_tree.nwk等7个.nwk文件，pplacer_Amt_subtree.jplace等1个.jplace文件
- 文件格式：.fasta、.nwk、.jplace
- 字段映射介绍：.fasta文件为原始/掩码蛋白序列比对数据；.nwk文件为系统发育树（如最大似然树）；.jplace文件为环境序列在系统发育树中的放置数据
- 实验测定文件
- 文件名称：urea_assay.xlsx、ammonium_assay.xlsx
- 文件格式：.xlsx
- 字段映射介绍：分别记录尿素测定、铵盐测定的实验数据
- 表型筛选文件
- 文件名称：Omnilog_assay.csv
- 文件格式：.csv
- 字段映射介绍：包含Data_File、Setup_Time、Position、Plate_Type、Strain_Type、Sample_Number、Strain_Name、Strain_Number、Other、Hour及各孔位（A01-A12、B01-B12）等字段，记录Omnilog表型筛选（氮底物）数据
- 图像文件
- 文件名称：GFP_images.zip
- 文件格式：.zip
- 字段映射介绍：压缩包内为GFP相关图像数据
数据来源
论文“Host-derived viral transporter protein for nitrogen uptake in infected marine phytoplankton”（Monier et al.）
适用场景
- 海洋病毒分子生物学研究: 分析宿主来源病毒转运蛋白的序列特征与系统发育关系
- 浮游植物氮代谢机制研究: 利用铵盐、尿素测定数据探究受感染浮游植物的氮吸收功能
- 微生物表型筛选分析: 通过Omnilog表型数据研究病毒对浮游植物氮底物利用表型的影响
- 环境微生物序列分析: 基于jplace文件分析环境序列在系统发育树中的位置及进化关系
