数据集概述
本数据集为Chazot等人2018年关于蝴蝶分化时间贝叶斯分析的研究数据，包含分类单元列表、分子矩阵、不同分析条件下生成的时间校准树等内容，支持蝴蝶演化时间研究的复现与扩展分析。
文件详解
- 分类单元与基因信息文件：
- S_1_List_of_taxa.xlsx：Excel格式，包含研究涉及的分类单元名称及对应的Genbank登录号
- 分子矩阵文件：
- S_2a_Core_analysis_dataset.nex：NEXUS格式，核心分析使用的分子矩阵
- S_2b_Reduced_dataset.nex：NEXUS格式，简化数据集的分子矩阵
- S_2c_Dataset_with_COI.nex：NEXUS格式，添加线粒体片段后的分子矩阵
- 系统发育树文件：
- S_3a_core analysis_RAxML_topology.pdf：PDF格式，核心分析得到的RAxML拓扑树，节点标注快速自举支持值
- 10个.tre格式树文件（如S_3b_core_analysis_median_ages.tre、S_4_deep_Level_fossils_median_ages.tre等）：不同分析条件下生成的时间校准树，节点年龄为后验分布中位数；其中S_10b_Foster_2017_mode_ages.tre节点年龄为后验分布核密度估计的众数
适用场景
- 蝴蝶演化时间研究：复现或验证蝴蝶分化时间的贝叶斯分析结果
- 系统发育方法比较：分析不同先验设置（如化石校准、树先验）对分化时间估计的影响
- 分子系统学研究：利用分子矩阵开展蝴蝶系统发育关系的相关分析
- 演化生物学教学：作为贝叶斯分化时间分析的案例数据，辅助教学实践
