数据集概述
本数据集包含用于研究蚂蚁和膜翅目基因组系统发育的增强型UCE诱饵集及相关分析数据。通过优化UCE基因座识别和诱饵设计流程，新增2590个膜翅目UCE基因座，覆盖16/17蚂蚁亚科的84个分类群数据，验证了高捕获成功率，支持系统发育树构建，并整合传统标记生成综合蚂蚁系统发育数据。
文件详解
- 文件名称：appendix2-supporting-information-methods-table-captions-figures-and-references.docx
- 文件格式：docx
- 字段映射介绍：包含附录2支持信息，含方法、表格标题、图表及参考文献
- 文件名称：uce-contigs-aligned-gblocks-trimmed-taxon-filtered-90.zip
- 文件格式：zip
- 字段映射介绍：UCE重叠群序列，已对齐、经Gblocks修剪并按90%分类群过滤
- 文件名称：uce-contigs-for-genome-enabled-taxa.zip
- 文件格式：zip
- 字段映射介绍：适用于有基因组信息分类群的UCE重叠群序列
- 文件名称：all-tables-and-table-captions.xlsx
- 文件格式：xlsx
- 字段映射介绍：包含所有研究相关表格及表格标题
- 文件名称：exon-rDNA-alignments-trimmed-enriched-taxa-only.zip
- 文件格式：zip
- 字段映射介绍：外显子和核糖体DNA序列对齐文件，已修剪且仅包含富集分类群
- 文件名称：phylogenetic-trees.zip
- 文件格式：zip
- 字段映射介绍：系统发育树数据文件
- 文件名称：uce-contigs-aligned-untrimmed-unfiltered.zip
- 文件格式：zip
- 字段映射介绍：UCE重叠群序列，已对齐但未修剪和过滤
- 文件名称：exon-rDNA-alignments-untrimmed-enriched-taxa-only.zip
- 文件格式：zip
- 字段映射介绍：外显子和核糖体DNA序列对齐文件，未修剪且仅包含富集分类群
- 文件名称：alignment-supermatrices-&-partitioning-files.zip
- 文件格式：zip
- 字段映射介绍：对齐超级矩阵及分区文件
- 文件名称：r-script-for-locus-stats.r
- 文件格式：r
- 字段映射介绍：用于计算基因座统计信息的R脚本
数据来源
论文“Enriching the ant tree of life: enhanced UCE bait set for genome-scale phylogenetics of ants and other Hymenoptera”
适用场景
- 膜翅目基因组系统发育研究: 利用UCE基因座数据构建蚂蚁及膜翅目系统发育树，解析进化关系
- UCE诱饵设计优化分析: 对比新旧诱饵集（hym-v1/hym-v2）的基因座捕获效率与系统发育性能
- 传统标记与UCE数据整合: 测试从富集样本中提取传统标记并与已发表Sanger数据结合的可行性
- 基因组学研究方法验证: 验证针对有基因组信息生物类群的UCE识别与诱饵设计工作流程有效性
