数据集概述
本数据集聚焦畜禽养殖集约化程度对粪便中抗生素抗性的影响，通过基因型和表型两种方法分析中国8个不同集约化程度农场（涵盖牦牛、绵羊、猪、马）的粪便样本，包含抗性基因多样性、耐药表型、可移动遗传元件关联及多药耐药特征等核心内容，共5个文件。
文件详解
- README.md
- 文件格式：MD
- 字段映射介绍：数据集标题、数据及文件结构描述，说明包含四组实验数据的详细信息
- Supplementary_Data_1：The_datasets_of_Ct_values_from_high-throughput_qPCR_analyses.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：高通量qPCR分析的Ct值数据集，用于定量DNA样本中的目标基因（含317个相关基因）
- Supplementary_Data_2：The_datasets_of_TPM_values_from_metagenomic_sequencing_analyses.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：宏基因组测序分析的TPM值数据集，反映基因表达量水平
- Supplementary_Data_3：All_isolated_and_then_identified_strains_with_their_sequenced_reads.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：所有分离并鉴定的菌株及其测序reads数据集，记录菌株信息与测序数据关联
- Supplementary_Data_4：All_recorded_diameters_of_the_inhibition_zone_(IZD)_for_these_strains_tested_using_the_standard_disc_diffusion_assay.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：标准纸片扩散法检测菌株的抑菌圈直径（IZD）记录数据集，反映耐药表型
数据来源
论文“Intensified livestock farming increases antibiotic resistance genotypes and phenotypes in animal feces”
适用场景
- 农业环境抗生素抗性研究：分析集约化养殖对畜禽粪便中抗生素抗性基因型和表型的影响机制
- 耐药基因监测：基于qPCR和宏基因组数据，监测不同养殖模式下粪便中抗性基因的多样性与丰度变化
- 耐药表型分析：利用抑菌圈直径数据，研究集约化养殖对畜禽粪便耐药表型的影响
- 环境健康风险评估：评估养殖集约化导致的粪便抗生素抗性对环境健康的潜在影响
- 微生物耐药机制研究：分析可移动遗传元件与抗性基因的共定位关系，探索耐药基因传播机制
