数据集概述
本数据集基于Ion Torrent PGM测序技术，对南非经济树种巨桉的内生真菌群落进行ITS1核糖体RNA测序分析，包含不同质量过滤策略下的序列数据及说明文档，用于揭示真菌群落的分类多样性及测序技术应用效果。
文件详解
- README_for_seqs.fna.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：说明文档，包含对同一真菌ITS扩增子数据集采用三种不同质量过滤方法（无引物过滤、模糊匹配引物、完美匹配引物）的结果说明，涉及序列长度（≥200bp）、质量值（≥Phred 20）及引物匹配规则（允许3bp错配）等参数
- seqs.fna.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：压缩包，包含三种过滤策略对应的序列文件：no_primer.fna（仅长度和质量过滤）、fuzzy_match.fna（增加允许3bp错配的反向引物匹配）、perfect_match.fna（严格引物匹配过滤）
数据来源
论文“Ion Torrent PGM as tool for fungal community analysis: a case study of endophytes in Eucalyptus grandis reveals high taxonomic diversity”
适用场景
- 微生物多样性研究：分析巨桉内生真菌群落的分类组成及多样性特征
- 测序技术评估：验证半导体测序（Ion Torrent PGM）在真菌群落环境测序中的应用效果
- 生物信息学方法优化：研究不同序列质量过滤参数（长度、质量值、引物匹配）对真菌群落分析结果的影响
- 植物-微生物互作研究：探索桉树内生真菌（如子囊菌门病原菌）与宿主植物的共生关系
- 环境微生物监测：为经济树种内生真菌群落的动态监测提供测序数据参考
