数据集概述
本数据集为“I型干扰素信号重连与COVID-19年龄差异关联”研究的配套资源，包含复现分析所需的代码、补充图表及细胞分析相关文件，支持CyTOF和scRNAseq数据的处理与结果验证。
文件详解
- 核心补充文件：
- Mendeley Supplementary Table 1.xlsx：Excel格式，包含CyTOF和scRNAseq分析中各集群、患者组的细胞数量信息
- Gating_CyTOF.pdf：PDF格式，展示CyTOF数据的预门控策略
- Gating_PBMC_activation.pdf：PDF格式，展示体外激活实验流式细胞术的预门控策略
- Gating_pSTAT_PBMC_activation.pdf：PDF格式，展示体外STAT磷酸化实验流式细胞术的预门控策略
- Mendeley Figure 1.pdf：PDF格式，展示主要CyTOF发现与症状出现后天数的关系
- Mendeley Figure 2.pdf：PDF格式，展示按疾病严重程度分层的患者集群箱线图
- CyTOF分析资源（CyTOF_code_and_resources/目录）：
- RECAST_REVISION_means_stdevs_panel1.csv：CSV格式，包含CyTOF数据的均值和标准差信息
- B_Cells_acute/目录：包含B细胞急性阶段分析的代码（如20240106_Cytopipe_RECAST_REVISION_ACUTE_B_core.R）和元数据文件
- CD4_T_Cells_acute_and_convalescent/目录：包含CD4 T细胞急慢性阶段分析的代码、元数据及聚类结果文件（如RECAST_165_samples_CD4_T_Cells_clustering_fs.csv）
- normalization/目录：包含CyTOF数据标准化的配置文件（如RECAST_panel1_REVISION_HC4_norm_setup.csv）和脚本文件
- scRNAseq分析资源（scRNAseq_code_and_resources/目录）：
- 核心脚本文件：如230217_Rnapipe.R（流程脚本）、DE_functions.R（差异表达分析函数）
- 细胞亚群分析目录：包含PBMC B细胞、单核细胞、T细胞及鼻拭子T细胞的模块分析脚本（如B_module.R、Mono_module.R）
适用场景
- 免疫生物学研究：分析I型干扰素信号通路在COVID-19患者中的年龄相关变化
- 细胞组学分析：验证CyTOF和scRNAseq数据的门控策略与细胞聚类方法
- 传染病机制研究：探究COVID-19疾病严重程度与免疫细胞信号的关联
- 生物信息学方法复现：学习R语言在免疫组学数据处理中的应用
