数据集概述
该数据集基于Gene Expression Omnibus分析正常人和胶质瘤患者的基因表达谱,识别差异表达基因(DEGs)及相关通路,包含基因组分析、多组学分析及GSE系列数据集等多类型文件,为胶质瘤分子机制研究提供数据支持。
文件详解
该数据集由多个目录和文件组成,具体说明如下:
- 基因组分析文件(Genomic analysis目录):
- 交集蛋白.csv:CSV格式,包含交集蛋白的基因名称列表(如ADGRG1、LPL等)
- metascape_result.xlsx:Excel格式,可能为Metascape富集分析结果
- kegg.xls:Excel格式,可能为KEGG通路分析结果
- DKK1相关基因.tsv:TSV格式,DKK1基因的相关基因数据
- parp14相关的基因.xlt:Excel模板格式,PARP-14相关基因信息
- string_interactions_short (3).tsv:TSV格式,STRING数据库的蛋白互作数据
- 相关基因.pdf:PDF格式,PARP-14相关基因的可视化或分析报告
- enrichment.Component (1).tsv:TSV格式,STRING富集分析的组件数据
- 生存曲线/sur.DKK-1.pdf:PDF格式,DKK1基因的生存曲线分析结果
- GSE系列数据集文件(按GSE编号分目录):
- GSE15824/DKK1.txt:TXT格式,GSE15824数据集中DKK1基因的表达值(含样本类型、标题及数值)
- GSE15824/GSE7696.top.table.tsv:TSV格式,差异表达分析结果表(含ID、校正P值、logFC、基因符号等字段)
- GSE50161/parp14.txt:TXT格式,GSE50161数据集中PARP14基因的表达数据
- GSE7696/7696.txt:TXT格式,GSE7696数据集的基因表达谱数据
- 多组学分析文件(Multiomics analysis目录):
- 差异蛋白与基因的交集.csv:CSV格式,差异蛋白与差异基因的交集数据
- 差异基因.xlsx:Excel格式,差异表达基因的汇总数据
- venn_result1714311644665147071.txt:TXT格式,Venn图分析结果
数据来源
Gene Expression Omnibus
适用场景
- 胶质瘤分子机制研究:分析差异表达基因及通路在胶质瘤发生发展中的作用
- 生物标志物筛选:识别胶质瘤诊断或预后相关的潜在基因标志物(如DKK1、PARP14)
- 药物靶点发现:基于差异基因和蛋白互作数据挖掘潜在治疗靶点
- 基因组与多组学整合分析:探究基因表达与蛋白水平的关联及调控网络
- 生存分析研究:分析关键基因表达与胶质瘤患者生存预后的关系