数据集概述
该数据集包含使用COPASI模拟器对节段极性网络进行随机采样的结果，对应von Dassow等人2000年研究的表2和图2；还涵盖四种模拟器（COPASI、Tellurium、Amici、VCell）的时间序列模拟结果，以及基于参数和初始条件随机采样的多稳定性研究数据。
文件详解
- 核心数据文件（.tsv格式）：
- 随机采样结果文件（如1-crisp.tsv、4-band-ci.tsv）：包含Score、CPUt、H_en、H_wg等参数与指标字段，对应原始研究表2的行数据
- 筛选结果文件（如1-crisp-hits.tsv、4-band-ci-hits.tsv）：记录Score低于0.2的采样数据
- 时间序列模拟结果文件（如timecourse1.copasi.tsv、timecourse1.vcell.tsv）：存储不同模拟器生成的时间序列数据
- 多稳定性分析文件（如MultistabilitySampling1_multipleSS.tsv）：包含多稳定性研究的采样结果
- 模型与配置文件：
- COPASI模型文件（.cps格式，如vonDassow2000_1x4_alt.cps）：定义节段极性网络的模型结构与参数
- 其他格式模型文件（如vonDassow2000_1x4.timecourse1.omex、.xml）：多格式模型文件用于跨平台验证
- 代码与脚本文件（.py格式）：
- stability_stats.py、runTellurium.py：用于数据处理与模拟运行的Python脚本
- 可视化与结果文件：
- 图表文件（.png格式，如Fig5.png、Fig3final.png）：展示研究结果的图片
- 绘图配置文件（.plt格式，如timecourse1.plt、param_radial.plt）：用于生成可视化结果的配置文件
- 说明文档：
- README.md：提供数据集详细说明的Markdown文档
适用场景
- 计算系统生物学研究：验证节段极性网络模型的可重复性与稳定性
- 生物模型标准化研究：基于FAIR原则评估跨模拟器的模型兼容性
- 多稳定性分析：探究生物网络参数与初始条件对多稳态行为的影响
- 科学可重复性验证：复现von Dassow等人2000年研究的核心实验结果
- 跨平台模拟工具对比：分析不同模拟器（COPASI、Tellurium等）的输出一致性
