数据集概述
本数据集是研究精神分裂症风险基因在不同年龄和脑区共表达网络中分子环境的配套数据,覆盖前额叶皮层、海马体等脑区的基因表达与网络分析结果,包含交互式可视化文件、WGCNA分析输出及预处理表达数据等,为解析精神分裂症的神经发育机制提供支持。
文件详解
该数据集包含多种类型的文件,具体说明如下:
- 交互式可视化文件(ZIP格式):
- DLPFC hit.genes_kb_200__online.version.zip:前额叶皮层(DLPFC)精神分裂症风险基因(200kbp列表)年龄解析网络的交互式桑基图(在线版)
- DLPFC hit.genes_kb_200__paper.version.zip:前额叶皮层精神分裂症风险基因年龄解析网络的交互式桑基图(论文版,小模块合并为宏模块)
- DLPFC all.genes_kb_200__online.version.zip:前额叶皮层所有基因年龄解析网络的交互式桑基图(在线版)
- DLPFC all.genes_kb_200__paper.version.zip:前额叶皮层所有基因年龄解析网络的交互式桑基图(论文版,小模块合并为宏模块)
- HP hit.genes_kb_200__online.version.zip:海马体(HP)精神分裂症风险基因年龄解析网络的交互式桑基图(在线版)
- HP hit.genes_kb_200__paper.version.zip:海马体精神分裂症风险基因年龄解析网络的交互式桑基图(论文版,小模块合并为宏模块)
- HP all.genes_kb_200__online.version.zip:海马体所有基因年龄解析网络的交互式桑基图(在线版)
- HP all.genes_kb_200__paper.version.zip:海马体所有基因年龄解析网络的交互式桑基图(论文版,小模块合并为宏模块)
- 分析结果文件(XLSX格式):
- Modulewise SCZ enrichment(1.0).xlsx:所有网络中精神分裂症风险基因模块水平富集结果
- wide_form_test_slidingwindow_NC_SchizoNew(v1.4)_final.xlsx:滑动窗口网络的WGCNA分析输出
- wide_form_WGCNA(v3.7.1)_final.xlsx:本研究生成及已发表网络的WGCNA分析输出
- 预处理表达数据文件(RData格式):
- libdnetworks(NC).preprocessed.exp.RData:年龄解析/未解析正常对照(NC)网络(DLPFC、HP、尾状核、齿状回)的预处理秩归一化表达数据
- libdnetworks(SCZ).preprocessed.exp.RData:未解析精神分裂症(SCZ)网络的预处理秩归一化表达数据
- sample_matched_HP_DG_qsva(NC).preprocessed.exp.RData:样本匹配海马体-齿状回(HP-DG)经QSVA去除的预处理秩归一化表达数据(用于细胞群富集研究)
- sample_matched_HP_DG_noqsva(NC).preprocessed.exp.RData:样本匹配海马体-齿状回未经QSVA去除的预处理秩归一化表达数据(用于细胞群富集研究)
- stemcell.preprocessed.exp.RData:诱导多能干细胞(iPSC)网络的预处理秩归一化表达数据(用于iPSC数据复制研究)
- 参考基因列表文件(RDS格式):
- SCZ.ref.list.sciadv.ade2812.rds:精神分裂症参考基因列表(含PGC3及0-500kbp不同区间的蛋白编码/生物型基因)
- 说明文档:
- ReadMe.docx:数据集说明文档
数据来源
Lieber Institute for Brain Development
适用场景
- 精神分裂症分子机制研究:分析风险基因在不同脑区和年龄阶段的共表达网络动态变化
- 神经发育生物学研究:探究脑区特异性基因网络的时空表达模式
- 生物信息学方法验证:复现或扩展基于WGCNA的基因共表达网络分析
- 干细胞模型应用:利用iPSC数据验证精神分裂症风险基因的分子关联
- 临床转化研究:为精神分裂症的早期诊断和靶向治疗提供分子网络依据