数据集概述
本数据集包含从NCBI Genbank获取的九万八千九百五十株金黄色葡萄球菌基因组的分析结果，涵盖多位点序列分型（MLST）、克隆复合物（CC）、cgMLST图谱、耐药基因、毒力因子、质粒复制子及CRISPR-Cas系统等信息，为相关基因组流行病学研究提供支持。
文件详解
- 核心数据文件：
- 摘要表：包括sa_table_summary.xlsx、sa_table_summary.txt、sa_table_summary.pdf，记录所有菌株的MLST序列型（ST）、SPA型、克隆复合物及CRISPR-Cas系统信息
- 耐药基因表：包括sa_table_amr.xlsx、sa_table_amr.txt，列出菌株中与各类抗菌药物耐药相关的基因
- 毒力因子表：包括sa_table_vfdb.xlsx、sa_table_vfdb.txt，提供基于VFDB数据库的毒力因子编码基因信息
- 质粒复制子表：包括sa_table_plasmid.xlsx、sa_table_plasmid.txt，详细说明菌株基因组中检测到的质粒复制子
- cgMLST图谱表：sa_table_cgmlst.txt，包含菌株的cgMLST图谱，提供比传统MLST更高分辨率的分型信息
- 辅助文件：
- how_to_use.txt：Linux环境下数据库典型使用场景的操作说明
- methods.pdf：数据库构建方法的详细描述
数据来源
NCBI Genbank数据库
适用场景
- 金黄色葡萄球菌基因组流行病学研究
- 抗菌药物耐药机制分析
- 毒力因子与致病性关联研究
- 质粒介导的耐药基因传播规律探索
- 高风险克隆株监测与防控策略制定
- 基因组分型方法（MLST、cgMLST）应用与验证
