数据集概述
本数据集是manabuishii/yevis-getting-started中的工作流之一，包含14个文件，涉及基因序列格式转换相关的工作流脚本、输入参数配置、示例数据及元数据文件，支持CRAM转BAM、交错FastQ转成对FastQ等序列格式转换任务。
文件详解
- 工作流脚本文件
- 文件名称：cram-to-bam.wdl、interleaved-fastq-to-paired-fastq.wdl、paired-fastq-to-unmapped-bam.wdl、bam-to-unmapped-bams.wdl
- 文件格式：.wdl
- 字段映射介绍：定义序列格式转换工作流的执行逻辑，如cram-to-bam.wdl实现CRAM转BAM的流程
- 输入参数配置文件
- 文件名称：cram-to-bam.inputs.json、interleaved-fastq-to-paired-fastq.inputs.json、bam-to-unmapped-bams.inputs.json、paired-fastq-to-unmapped-bam.inputs.json、generic.google-papi.options.json、wf_params.json
- 文件格式：.json
- 字段映射介绍：包含工作流执行所需的输入参数，如cram-to-bam.inputs.json含样本名、输入CRAM路径、参考序列字典等键值对
- 元数据文件
- 文件名称：yevis-metadata-1.0.0.yml
- 文件格式：.yml
- 字段映射介绍：存储数据集的元数据信息
- 示例数据文件
- 文件名称：NA18549.final.small_interleaved.fastq.gz
- 文件格式：.gz
- 字段映射介绍：小型交错FastQ格式的示例基因序列数据
- 说明与许可文件
- 文件名称：README.md、LICENSE
- 文件格式：.md、无后缀
- 字段映射介绍：README.md说明工作流功能，LICENSE为许可文件
数据来源
manabuishii/yevis-getting-started
适用场景
- 生物信息学工作流开发：用于构建和测试基因序列格式转换的自动化工作流
- 基因数据预处理：支持CRAM、FastQ、BAM等基因序列格式的转换与预处理
- 生物信息学工具验证：验证序列格式转换工具的执行逻辑与参数配置
- 生物信息学教学：作为基因序列格式转换工作流的示例数据，用于教学演示
