数据集概述
本数据集包含Euphonia和Chlorophonia雀类（雀形目：燕雀科）的线粒体基因组序列、数千个超保守元件（UCE）序列及相关系统发育树文件，用于解析该类群的分类学关系与历史生物地理学。数据集涵盖样本元数据、序列矩阵、系统发育分析结果等12个文件，支持物种分类修订与生物地理历史重建研究。
文件详解
- 元数据与索引文件
- 文件名称：IlluminaIndexes.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含Taxon（分类单元）、Specimen（标本号）、Illumina Dual Index tag（测序双索引标签）、Unique Index tag（唯一索引标签）、Fastq.gz1（正向测序文件）、Fastq.gz2（反向测序文件）等测序样本索引信息
- 文件名称：EuphoniaUCE_DryadMetadata.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：记录数据集对应的研究标题、作者等元数据信息
- 序列矩阵文件
- 文件名称：Euphonia_mtGenomes.nex、Euphonia_AllUCEs.nex、Euphonia_150UCEs-cytb.xml、Euphonia_BEAST2-Sequences.nex
- 文件格式：NEX、XML
- 字段映射介绍：分别包含线粒体基因组序列矩阵、全UCE序列矩阵、150个UCE与细胞色素b序列矩阵、BEAST2分析用序列矩阵
- 系统发育树文件
- 文件名称：Tree_AllUCE-ASTRAL.nex、Tree_mtGenome-RAxML.nex、Tree_150UCE-RAxML.nex、Tree_AllUCE-RAxML.nex
- 文件格式：NEX
- 字段映射介绍：分别为全UCE的ASTRAL树、线粒体基因组的RAxML树、150个UCE的RAxML树、全UCE的RAxML树
数据来源
论文“Mitochondrial genomes and thousands of ultraconserved elements resolve the taxonomy and historical biogeography of the Euphonia and Chlorophonia finches (Passeriformes: Fringillidae)”
适用场景
- 鸟类分类学修订: 基于线粒体基因组与UCE数据解析Euphonia与Chlorophonia的分类关系，支持属级分类单元调整
- 历史生物地理学研究: 利用系统发育树重建该类群的起源地（如南美起源）与扩散路径（加勒比、北美入侵事件）
- 物种多样性评估: 分析广泛分布且表型多样物种的未描述物种多样性
- 系统发育方法比较: 对比不同序列数据集（全UCE、线粒体基因组）与分析方法（ASTRAL、RAxML）的系统发育结果差异
- 生物地理事件关联分析: 关联类群扩散事件与巴拿马地峡形成等地质历史事件的时间节点
