数据集概述
本数据集围绕早期食管癌分子靶点构建展开,通过基因共表达网络分析、差异基因筛选及蛋白互作网络构建,识别出CEBPB等关键基因,并结合免疫浸润分析、多组学验证及单细胞测序数据,验证其作为早期食管癌诊断生物标志物的潜力。
文件详解
- 核心数据文件(按目录分类):
- Raw Data/ENDOSCAPE/:包含内镜图像文件(如孙永富_20230726_135112_000592.jpg),格式为.jpg/png,记录内镜检查影像。
- Raw Data/GSVA/:包含基因集变异分析相关文件,如2.CEBPB_all_GSEA.xls(Excel格式,CEBPB基因富集分析结果)、批量单基因GSEA.R(R代码文件,单基因富集分析脚本)。
- Raw Data/GTEX-TCGA/:包含TCGA-ESCA临床表型数据(TCGA-ESCA.GDC_phenotype.tsv.gz,压缩文本格式)、差异基因表达结果(diffGeneExp.txt,文本格式)及GO富集分析脚本(10.GO富集分析.R)。
- Raw Data/HE/:包含HE染色图像文件(如1000um.png),格式为.png,记录组织病理学染色结果。
- Raw Data/IF/:包含免疫荧光图像文件(如10XC-C.png)及定量数据(DAPI.csv,CSV格式,包含Area、Mean等荧光定量指标)。
- Raw Data/IHC/:包含免疫组化图像文件(如10XC1.png),格式为.png,记录蛋白表达定位结果。
- Raw Data/IMMUNE/:包含免疫浸润分析脚本(18.免疫浸润直方图.R)及CIBERSORT结果(CIBERSORT-Results.txt,文本格式,免疫细胞浸润比例数据)。
- Raw Data/PPI/:包含蛋白互作网络分析文件(如string_interactions_short.tsv,TSV格式,蛋白互作关系数据)及Venn图绘制脚本(9.取交集基因绘制VEEN图.R)。
- Raw Data/ROC/:包含诊断效能分析文件(如S100A7.csv,CSV格式,ROC曲线分析数据)及多数据集合并脚本(5.多GEO合并.R)。
- Raw Data/SINGLE CELL/:包含单细胞数据分析脚本(如communication19.CellChat.R,细胞通讯分析脚本)及参考基因组数据(ref_Human_all.RData,R数据格式)。
- Raw Data/WB/:包含Western blot定量数据(新建 Microsoft Excel 工作表.xlsx,Excel格式)及原始图像(CEBPB-ACTIN.tif,TIFF格式)。
适用场景
- 食管癌早期诊断生物标志物研究:分析CEBPB等基因在早期食管癌中的诊断效能。
- 肿瘤免疫微环境研究:探究食管癌组织中免疫细胞浸润模式及调控机制。
- 分子靶点功能验证:通过多组学数据验证CEBPB在食管癌发生发展中的作用。
- 临床转化应用:基于分子靶点数据开发食管癌早期诊断试剂盒或治疗靶点。
- 单细胞水平机制研究:解析食管癌组织中细胞异质性及细胞间通讯网络。