数据集概述
本数据集为Juicebox.js基因组浏览器提供的示例数据，包含HCT-116细胞系在正常（Untreated）与黏连蛋白缺失（Cohesin Loss）两种条件下的实验数据。核心内容为Hi-C交互矩阵（.hic格式）和ChIP-seq信号轨道（.bw格式），涉及RAD21与CTCF两种蛋白。数据可用于三维基因组结构可视化与分析，另附一份测试流程说明文档。
文件详解
- Hi-C交互矩阵文件（.hic格式）
- 文件名称：
HCT-116_Untreated.hic, HCT-116_Cohesin_Loss.hic
- 文件格式： HIC
- 字段映射介绍： 存储全基因组染色质空间互作频率矩阵，用于在Juicebox等工具中可视化染色质三维结构。
- ChIP-seq信号轨道文件（.bw格式）
- 文件名称：
RAD21_Untreated.bw, RAD21_Cohesin_Loss.bw, CTCF_Untreated.bw, CTCF_Cohesin_Loss.bw
- 文件格式： BW (BigWig)
- 字段映射介绍： 存储蛋白质（如RAD21, CTCF）在全基因组范围内的结合信号强度，通常包含基因组坐标（如染色体、起始位点、终止位点）和对应的信号值。
- 说明文档（.pdf格式）
- 文件名称：
TestProcedure.pdf
- 文件格式： PDF
- 字段映射介绍： 提供数据处理或软件使用的测试流程说明。
数据来源
Juicebox.js
适用场景
- 三维基因组结构研究: 利用Hi-C数据可视化并分析不同生理条件下（如黏连蛋白缺失）的染色质空间组织变化。
- 蛋白质-DNA相互作用分析: 通过ChIP-seq信号数据（.bw）研究RAD21、CTCF等蛋白在全基因组范围内的结合模式及其在条件变化下的差异。
- 基因组浏览器工具开发与测试: 作为Juicebox.js等基因组可视化软件的示例数据，用于功能验证或开发测试。
- 表观遗传学机制探索: 整合Hi-C与ChIP-seq数据，探究染色质结构与蛋白结合在基因调控中的协同作用。
