数据集概述
本数据集是使用Kallisto v0.50.0对P. parvum 12B1株昼夜相rRNA去除RNA-Seq文库(SRR23517916、SRR23517917)进行的表达定量结果,参考转录组为12B1_v1.1.gff3__12B1_scaffolds_v1.1.fasta.mRNA.fa,包含两个压缩文件,记录目标转录本的长度、有效长度、估计计数和TPM值等信息。
文件详解
- 文件名称:SRR23517916_kallisto_out.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:包含Night phase样本的表达定量结果,关键字段有target_id(目标转录本ID)、length(转录本长度)、eff_length(有效长度)、est_counts(估计计数)、tpm(每百万转录本数)
- 文件名称:SRR23517917_kallisto_out.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:包含Day phase样本的表达定量结果,关键字段与SRR23517916_kallisto_out.zip一致
适用场景
- 藻类昼夜基因表达分析:对比P. parvum 12B1株昼夜相基因表达水平差异,筛选节律相关基因
- 转录组定量方法验证:评估Kallisto v0.50.0在rRNA去除RNA-Seq数据中的定量准确性
- 藻类功能基因研究:通过TPM值分析特定基因(如PKZILLA家族)在不同光照条件下的表达模式
- 藻类分子生物学实验设计:为后续P. parvum基因功能验证实验提供表达量参考依据