数据集概述
本数据集围绕染色体核型进化的概率模型构建与应用展开，包含模型代码、模拟数据、实测数据及分析脚本。模型基于“核型图”将核型进化视为染色体数与臂数二维空间的随机游走，可分析稳态分布并估计转换速率。数据集应用于鱼类（真骨鱼亚部、骨鳔总目）及植物（十字花科）类群，探究核型进化的速率、模式及其在物种形成与灭绝中的作用，共含68个文件。
文件详解
- 代码文件（.R、.pl格式）
- 示例文件：Sub23_Branch_length_analysis_Otophysi.R、Convert_CM8_Simulation_data_to_table.pl
- 功能：包含核型进化模型拟合、系统发育树处理、祖先状态重建、分支长度分析等分析脚本
- 模型结果文件（.Robj格式）
- 示例文件：fit_musse_neot_groupA_M2_YK2021.Robj、phy_fitted_bl_neot_YK2021.Robj
- 功能：存储模型拟合后的参数估计结果、系统发育树拟合分支长度等对象
- 数据文件（.txt、.csv、.tre格式）
- 示例文件：Brassicaceae_karyotype_data_YK2021.txt、Teleostei_karyotype_data_YK2021.csv、Brassica_tree_YK2021.tre
- 字段映射：包含物种名称、染色体单倍数、臂单倍数、多倍体状态、分类阶元（纲、目、科等）及系统发育树结构
- 文档文件（.docx格式）
- 示例文件：Documents_Yoshida_and_Kitano_2021.docx
- 功能：存储研究相关的文档资料
数据来源
论文“Tempo and mode in karyotype evolution revealed by a probabilistic model incorporating both chromosome number and morphology”
适用场景
- 核型进化模式研究：分析染色体数与臂数的协同进化规律，探究核型进化的速率与方向
- 物种形成机制分析：结合转换速率估计，探讨核型变异在物种分化中的作用
- 灭绝风险评估：通过稳态分布与灭绝率分析，识别非典型核型物种的灭绝风险
- 多倍体进化研究：扩展模型至多倍化事件，分析植物类群的多倍体进化历史
- 生物信息学模型验证：利用模拟数据评估核型进化概率模型的拟合性能与准确性
