数据集概述
本数据集通过噬菌体λ与大肠杆菌协同进化种群的表型和基因组分析，探究病毒-宿主协同进化的跃迁动力学。数据包含感染表型与基因组测序的联合分析结果，揭示了表型符合军备竞赛动力学（ARD）、基因组呈现波动选择动力学（FSD）的混合“跃迁”动态，共5个文件。
文件详解
- README.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：数据集说明文档，包含文件内容说明、数据使用指引等信息
- supp_fig2_data.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含Time（时间）、Well（孔位）、OD600（光密度）、Strain（菌株）、Phage（噬菌体处理）、malTmut（malT突变）、X777bpdel（777bp缺失）、Treatment（处理组）等字段
- phage_isolates_mutation_matrix.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：噬菌体分离株全基因组测序的突变矩阵数据，记录不同噬菌体分离株（P_D_x_y）的突变信息
- EOP_matrix.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：噬菌体-宿主感染效率（EOP）矩阵数据，包含Phage（噬菌体）、Host（宿主）、Spot #（斑点编号）、# Plaques（噬菌斑数量）、Plaques per ml（每毫升噬菌斑数）、EOP（感染效率）等字段
- bacteria_isolates_mutation_matrix.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：细菌分离株全基因组测序的突变矩阵数据，记录不同细菌分离株（B_D_x_y）的突变信息
数据来源
论文“Leapfrog dynamics in phage-bacteria coevolution revealed by joint analysis of cross-infection phenotypes and whole genome sequencing”
适用场景
- 微生物协同进化机制研究: 分析噬菌体与大肠杆菌协同进化的跃迁动力学及混合动态模式
- 病毒-宿主互作表型分析: 利用EOP_matrix.csv研究噬菌体-宿主感染效率的表型变化规律
- 基因组进化动态研究: 通过突变矩阵文件探究协同进化过程中的基因组波动选择动力学
- 生态网络结构机制分析: 揭示协同进化生态网络的构建机制及表型/基因组数据单独分析的局限性
- 微生物进化模型验证: 检验标准协同进化模型的预测能力，优化模型构建
