数据集概述
本数据集为论文“Weak genetic structure despite strong genomic signal in lesser sandeel in the North Sea”的配套数据,包含471尾北海南海小沙丁鱼的基因组变异数据及样本信息。数据通过双酶切限制性位点关联DNA测序(ddRAD)技术获取,经生物信息学分析生成VCF文件,同时提供样本群体来源表和补充表格,用于研究小沙丁鱼的群体遗传结构。
文件详解
- 核心数据文件
- 文件名称:vcf_sandeel_Amarinus_NorthSea.vcf
- 文件格式:VCF
- 字段映射介绍:包含471个小沙丁鱼个体的基因组变异位点信息,为论文方法部分描述的STACKS分析结果。
- 样本信息文件
- 文件名称:individuals_info_vcf.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:记录VCF文件中每个样本的标识符及其对应的群体来源,与论文中的群体标记一致。
- 补充表格文件
- 文件名称:TableS3_SupplementaryMaterial.xlsx、TableS4_SupplementaryMaterial.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:论文的补充表格数据,支持研究结果的验证与扩展分析。
- 说明文档
- 文件名称:README.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:数据集说明文档,包含数据来源、文件组成及使用方法等信息。
数据来源
论文“Weak genetic structure despite strong genomic signal in lesser sandeel in the North Sea”(2019,Evolutionary Applications)
适用场景
- 群体遗传学研究:分析小沙丁鱼的遗传多样性、群体分化程度及基因流模式。
- 基因组学分析:基于VCF文件开展SNP位点筛选、连锁不平衡分析等基因组学研究。
- 渔业资源评估:为北海南海小沙丁鱼的渔业资源管理提供遗传背景数据支持。
- 海洋生物地理学研究:结合样本地理信息,探讨小沙丁鱼群体分布与环境因子的关系。