数据集概述
本数据集聚焦洞穴滨珊瑚（Montastraea cavernosa）在墨西哥湾及伯利兹中光层珊瑚生态系统（MCEs）的转录组可塑性，包含自然种群观测与移植实验的基因表达、环境参数及共生体叶绿素数据，用于分析珊瑚对不同深度与环境胁迫的适应机制，共11个文件。
文件详解
- 代码文件（.r格式，共8个）
- Studivan-and-Voss_kogmwu_enviro_mcav.R：洞穴滨珊瑚环境因子的KOG-MWU分析代码
- Studivan-and-Voss_kogmwu_enviro_zoox.R：共生藻环境因子的KOG-MWU分析代码
- Studivan-and-Voss_deseq2_enviro_mcav.R：洞穴滨珊瑚环境因子的DESeq2差异表达分析代码
- Studivan-and-Voss_symbiont_chlorophyll_script.R：共生体叶绿素数据处理代码
- Studivan-and-Voss_deseq2_trans_zoox.R：共生藻移植实验的DESeq2差异表达分析代码
- Studivan-and-Voss_deseq2_trans_mcav.R：洞穴滨珊瑚移植实验的DESeq2差异表达分析代码
- Studivan-and-Voss_temp_light_script.R：温度与光照数据处理代码
- 数据文件（.xlsx格式，共3个）
- Studivan-and-Voss_temp_light.xlsx：温度与光照环境参数数据
- Studivan-and-Voss_allcounts_design.xlsx：基因表达计数与实验设计数据
- Studivan-and-Voss_symbiont_chlorophyll.xlsx：共生体叶绿素含量数据
数据来源
论文“Transcriptomic plasticity of mesophotic corals among natural populations and transplants of Montastraea cavernosa in the Gulf of Mexico and Belize”
适用场景
- 珊瑚转录组可塑性研究：分析洞穴滨珊瑚在不同深度环境下的基因表达调控机制
- 中光层珊瑚适应机制分析：探究中光层珊瑚对低光照环境的生理与分子适应策略
- 珊瑚移植实验数据分析：评估珊瑚跨深度移植后的基因表达变化及环境适应能力
- 珊瑚白化胁迫响应研究：解析不同深度珊瑚对白化事件的基因表达差异与胁迫响应
- 珊瑚共生体功能分析：研究共生藻叶绿素含量与基因表达的关联及共生功能机制
