数据集概述
本数据集围绕野生动物病原体鸡毒支原体(MG)宿主转移后的基因组进化展开,包含12株家朱雀分离株及4株家禽株的全基因组序列分析结果,重点记录CRISPR阵列的多样性变化、重复序列丢失及相关基因功能丧失情况,为研究野生鸟类细菌病原体的快速进化机制提供数据支持。
文件详解
- 基因组序列文件(共3个)
- 文件名称:Stringent_Moderate_v2_2010_Masked_Val.fna、Moderate_2010_Masked_Val.fna、Stringent_2010_Masked_Val.fna
- 文件格式:FNA
- 字段映射介绍:包含MG不同分离株的全基因组序列信息,记录核苷酸序列及相关注释内容
- 进化速率估算文件(共1个)
- 文件名称:MG_Rate_Estimate.xml
- 文件格式:XML
- 字段映射介绍:记录MG在宿主转移前后的核苷酸替代速率等进化参数,支持基因组进化速率的定量分析
数据来源
论文“Ultrafast evolution and loss of CRISPRs following a host shift in a novel wildlife pathogen, Mycoplasma gallisepticum”
适用场景
- 微生物基因组进化研究: 分析MG在宿主转移过程中基因组的快速进化机制及核苷酸替代速率
- CRISPR系统功能研究: 探究宿主转移后CRISPR阵列多样性变化、重复序列丢失及相关基因功能丧失的分子机制
- 野生动物病原体适应性进化分析: 揭示MG从家禽向野生家朱雀宿主转移后的适应性进化策略
- 细菌进化速率定量评估: 利用核苷酸替代速率数据,对比不同细菌病原体的进化速率差异