数据集概述
本数据集基于中非加蓬野生山魈种群的非侵入性粪便样本，通过下一代测序技术获取其主要组织相容性复合体（MHC）基因数据。包含45个新发现的II类MHC DRB等位基因（含DRB9假基因），补充了圈养种群研究的局限性，为山魈免疫遗传多样性及保护策略制定提供数据支持。
文件详解
- 文档类文件
- 文件名称：README.md
- 文件格式：MD
- 字段映射介绍：说明研究目的、测序方法（Illumina测序）、样本类型（粪便与组织样本对比）及等位基因分配方法（degree of change法）
- 序列数据文件
- 文件名称：all_identified_alleles.fas
- 文件格式：FAS
- 字段映射介绍：包含山魈MHC DRB基因的所有已识别等位基因序列
- 频率统计文件
- 文件名称：2018_seqfreqs.csv、2021_seqfreqs.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：记录不同年份样本的等位基因频率数据，包含sampleID（样本ID）、allele（等位基因）、frequency（频率）、replication（重复验证标记）、rank（频率排名）等字段
- 共识等位基因文件
- 文件名称：consensus_alleles.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：汇总共识等位基因信息，包含SEQUENCE（序列）、LENGTH（长度）、SAMPLES（样本数）、Clade（进化支）、ST（序列类型）、DEPTH_AMPLICON（扩增子深度）及多个样本ID对应的检测情况
- 压缩包文件
- 文件名称：consensus_fasta_files.zip、DOC_assignments_per_run.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：分别存储共识等位基因的FASTA文件包、各测序批次的等位基因分配结果文件包
数据来源
论文“What mandrills leave behind: using fecal samples to characterize the major histocompatibility complex in a threatened primate”
适用场景
- 灵长类免疫遗传学研究：分析山魈MHC基因多样性、新等位基因功能及与疾病抗性的关联
- 濒危物种保护规划：基于MHC基因多样性评估野生山魈种群健康状况，指导保护策略制定
- 非侵入性测序方法优化：对比粪便与组织样本的测序重复性差异，改进野生动物基因研究技术
- 进化生物学分析：探究山魈MHC基因与其他灵长类的共享谱系及演化规律
