数据集概述
本数据集为简报"MICOMWeb: a website for microbial community metabolic modeling of the human gut"的补充数据，包含通过MICOMWeb网站工具生成的人肠道微生物群落代谢建模结果。数据涵盖COVID-19和糖尿病两种疾病背景下的不同饮食干预模拟结果，包括微生物生长率、代谢交换等关键指标，以及模型输出文件和使用指南文档，总计包含六十七个文件。
文件详解
- 饮食干预模拟结果（Diets Results）
- 文件名称： 如
COVID19_High_Fat_Protein_Low_Carb_GrowthRates.csv、Diabetes_Fermented_Foods_Exchanges.csv等
- 文件格式： CSV
- 字段映射介绍： 包含abundance（丰度）、growth_rate（生长率）、reactions（反应数）、metabolites（代谢物数）、taxon（分类单元）、tradeoff（权衡参数）、sample_id（样本ID）等字段
- 微生物群落模型输出（Community Output）
- 文件名称： 如
ko_ERR1883195.csv、taxa_knockout_ERR1883195.svg、ERR1883195.pickle.7z等
- 文件格式： CSV、SVG、7Z
- 字段映射介绍： 包含基因敲除分析结果、分类单元可视化图表及序列数据归档文件
- 生长分析数据（Grow Analysis）
- 文件名称： 如
growth.pickle.7z、grow_rates.csv.7z、Tradeoff analysis.pdf等
- 文件格式： 7Z、CSV、PDF
- 字段映射介绍： 包含生长率数据、代谢交换信息及权衡分析报告
- 文档与指南（Documents & Guides）
- 文件名称： 如
micom_outputs_guide.docx、MICOMWeb’s Usability Survey.pdf、MICOMWeb_Runs.xlsx等
- 文件格式： DOCX、PDF、XLSX、HTML
- 字段映射介绍： 包含工具使用指南、可用性调查、维护计划及运行报告等支持文档
数据来源
简报"MICOMWeb: a website for microbial community metabolic modeling of the human gut"
适用场景
- 微生物代谢建模研究: 分析不同饮食干预下人肠道微生物群落的生长动力学和代谢特性
- 疾病与微生物组关联分析: 研究COVID-19和糖尿病等疾病状态下肠道微生物的代谢响应
- 饮食干预效果评估: 比较高纤维、发酵食品、高脂肪蛋白低碳水等不同饮食方案对微生物群落的影响
- 生物信息学工具开发: 为微生物群落代谢建模网站工具的功能验证和优化提供数据支持
- 微生物生态学研究: 探索肠道微生物群落的结构功能关系及物种间相互作用机制
