数据集概述
本数据集包含通过Micro-Meta App生成的显微镜元数据JSON文件,记录了全球多个核心设施的显微镜硬件规格及图像采集设置。数据覆盖16台不同品牌型号的显微镜,对应16项实验类型,旨在为显微镜实验的可重复性和元数据标准化提供示例参考。
文件详解
- 核心JSON文件
- 文件名称:包含Microscope.JSON(如01_marcello_uliverpool_cci_zeiss_axioobserz1_lsm710.json)和Settings.JSON(带_AS后缀,如07-1_nelson_bj_rfpsen_stain4_63x.lif_(series026)_as.json)
- 文件格式:JSON
- 字段映射介绍:Settings.JSON包含Pixels、Name、Schema_ID、InstrumentName、ObjectiveSettings、Channels等关键字段,覆盖硬件配置、成像参数等元数据
- 其他关联文件
- 文件名称:如05_nitschke_gsd1a_p15_mito633_calcein5um_2_for_pub2_czi_
- 文件格式:.czi_及无扩展名文件
- 内容说明:与元数据对应的示例图像文件或辅助数据
数据来源
Micro-Meta App(由4D Nucleome、BINA、QUAREP-LiMi等全球社区倡议开发)
适用场景
- 显微镜实验元数据标准化研究:参考示例文件构建符合OME数据模型的元数据规范
- 生物成像实验可重复性分析:利用硬件规格与采集设置元数据验证实验结果的可复现性
- 核心设施显微镜资源管理:整合不同品牌型号显微镜的硬件参数,支撑设施设备标准化管理
- 医学与生物学成像研究:为细胞成像、组织切片观察等实验提供元数据记录模板
- 成像软件集成测试:作为Micro-Meta App或OMERO平台的示例数据,测试元数据导入导出功能