数据集概述
本数据集围绕经济重要性淡水鱼类黑鲈属（Micropterus）展开，通过ddRAD数据的系统基因组学分析，界定出19个物种，修正了大口黑鲈复合体的分类命名，并提供了物种系统发育关系及基因渐渗对分化历史的影响等研究结果，为黑鲈属的管理与保护提供科学依据。
文件详解
- 文档类文件
- 文件名称：README.docx、SVDQuartets_taxon_sampling.docx
- 文件格式：DOCX
- 字段映射介绍：包含数据集说明、分类单元采样信息等文档内容
- 控制与参数文件
- 文件名称：BPP_Redeye_complex1.ctl、BPP_Spotted_complex.ctl等5个.ctl文件
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含BPP物种界定分析的控制参数设置
- 输入与输出文件
- 文件名称：BPP_Redeye_complex1_loci.prn、BPP_Smallmouth_complex_loci.prn等5个.prn文件；Fastsimcoal2_model_Texas_MSFS.obs等4个.obs文件
- 文件格式：PRN、OBS
- 字段映射介绍：包含BPP分析的基因座数据、Fastsimcoal2模型的多物种渐渗频谱观测数据
- 映射文件
- 文件名称：BPP_Redeye_complex1.Imap.txt、BPP_Spotted_complex.Imap.txt等8个.TXT文件
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含样本与物种的对应映射关系（如样本编号与黑鲈属物种缩写的关联）
- 基因组与系统发育文件
- 文件名称：Micropterus_ddRAD.snps.hdf5.gz、Micropterus_ddRAD.nex.gz、IQTREE_Micropterus.phy.contree.nex、SVDQuartets_usnps.nex、SVDQuartets_paupTrees.tre、SNMF.ugeno
- 文件格式：HDF5.GZ、NEX.GZ、NEX、TRE、UGENO
- 字段映射介绍：包含ddRAD SNP数据、系统发育树文件、SVDQuartets分析的单核苷酸多态性数据、SNMF分析的基因型数据
- 时间校准文件
- 文件名称：BEAST_Divergence_time.xml
- 文件格式：XML
- 字段映射介绍：包含BEAST分化时间分析的XML参数设置
数据来源
论文“Phylogenomics and species delimitation of the economically important Black Basses (Micropterus)”
适用场景
- 淡水鱼类物种分类修订: 基于系统基因组学分析结果，修正黑鲈属的物种分类体系与科学命名
- 渔业资源管理: 为黑鲈属鱼类的可持续休闲渔业管理提供物种界定的科学依据
- 生物多样性保护: 支撑黑鲈属濒危或特有物种的保护策略制定
- 基因组分化研究: 分析基因渐渗在黑鲈属物种分化历史中的作用机制
- 系统发育关系解析: 利用系统发育树数据探究黑鲈属物种间的演化关系
