数据集概述
本数据集围绕灭绝支系多样化速率的模型推断展开，通过实证与模拟数据评估PyRate和Fossil BAMM两种方法的表现，分析鸟臀目恐龙系统发育树与化石记录，探讨模型假设对灭绝支系多样化推断的影响。
文件详解
该数据集包含46个文件，主要分为三类，具体说明如下：
- 文档文件 (.pdf):
- Supplementary_Information.pdf: 补充信息文档，提供研究背景、方法细节及结果补充说明
- 系列Supplementary_Figure文件（如Supplementary_Figure_S31.pdf、Supplementary_Figure_S36.pdf等）: 研究相关的补充图表，用于可视化实证与模拟分析结果
- 压缩文件 (.zip):
- Empirical_BAMM_analysis_configuration_files.zip: BAMM实证分析的配置文件压缩包
- BEAST_MCC_trees.zip: BEAST分析生成的最大类群置信树（MCC trees）压缩包
- RAxML_trees.zip: RAxML分析生成的系统发育树压缩包
- Scenario_1_simulated_trees.zip、Scenario_2_simulated_trees.zip: 不同模拟场景下生成的系统发育树压缩包
- Simulation_design.zip: 模拟实验设计相关文件压缩包
- R Markdown文件 (.rmd):
- PyRate_simulated.Rmd: PyRate模拟分析的R代码文档
- BAMM_simulated.Rmd: BAMM模拟分析的R代码文档
- PyRate_empirical.Rmd: PyRate实证分析的R代码文档
- Phylogenetic_analyses.Rmd: 系统发育分析的R代码文档
适用场景
- 古生物学研究: 分析灭绝支系（如恐龙）的多样化速率与演化动态
- 方法学评估: 测试PyRate、Fossil BAMM等模型方法在古生物数据中的适用性
- 模拟实验设计: 构建符合古生物学现实条件的系统发育与化石记录模拟框架
- 演化生物学教学: 作为案例数据讲解灭绝支系多样化推断的方法与挑战
