数据集概述
本数据集围绕MiFish通用PCR引物（MiFish-U/E）展开，该引物针对鱼类线粒体12S rRNA基因的高变区设计，可用于环境DNA（eDNA） metabarcoding检测。通过实验室验证和自然环境采样，共检测到超230种亚热带海洋鱼类，涵盖鲨鳐类、硬骨鱼类等多样类群，支持非侵入性、高效的鱼类生物多样性监测。
文件详解
- 文档文件（.txt格式）
- 文件名称：README_for_MiFish_pipeline.txt
- 内容说明：介绍MiFish分析流程的相关说明文档
- 文件名称：README_for_hamming_match.txt
- 内容说明：解释hamming_match脚本的功能、输入输出及使用规则，包括引物匹配区域的汉明距离筛选标准（距离>3时需手动提取序列）
- 脚本文件（.rb格式）
- 文件名称：hamming_match.rb
- 内容说明：用于提取MiFish引物匹配区域侧翼DNA序列的Ruby脚本，基于汉明距离筛选有效序列
- 压缩文件（.zip格式）
- 文件名称：MiFish_pipeline.zip
- 内容说明：包含MiFish分析流程相关文件的压缩包
数据来源
标题为“Data from: MiFish, a set of universal PCR primers for metabarcoding environmental DNA from fishes: detection of more than 230 subtropical marine species”的研究数据
适用场景
- 鱼类生物多样性监测: 利用eDNA metabarcoding技术，非侵入性检测自然水域中的鱼类物种组成
- 环境DNA分析方法优化: 基于MiFish引物设计原理，改进鱼类eDNA检测的引物通用性和灵敏度
- 水族馆与自然水域鱼类群落对比研究: 结合实验室验证数据与野外采样结果，分析不同环境下的鱼类物种分布差异
- 海洋生态保护评估: 长期监测特定海域鱼类群落动态，为海洋资源管理提供数据支持
- 分子生态学技术应用: 探索eDNA metabarcoding在鱼类分类学、生态学研究中的替代或补充作用
